Structures d'ARN : de la 2D à la 3D

par Coline Gianfrotta

Projet de thèse en Informatique

Sous la direction de Dominique Barth et de Alain Denise.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de École doctorale Sciences et technologies de l'information et de la communication (Orsay, Essonne ; 2015-....) , en partenariat avec DAVID - Données et Algorithmes pour une ville intelligente et durable (laboratoire) et de Université de Versailles-Saint-Quentin-en-Yvelines (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2018 .


  • Résumé

    Le présent projet de thèse se situe au cœur de cette problématique : nous avons l'ambition de faire des avancées dans : La prédiction de structures secondaires d'ARN prenant en compte les interactions non canoniques entre les nucléotides. La construction de structures tridimensionnelles à partir des structures précédentes. Au niveau méthodologique, ces problèmes nécessiteront la conception d'algorithmes de graphes, le développement de logiciel(s) qui les implémentent, leur application sur les données biologiques disponibles et l'évaluation de la qualité des prédictions, dans l'absolu et par rapport aux méthodes de l'état de l'art.

  • Titre traduit

    RNA structures: from 2D to 3D


  • Résumé

    The topic of this Ph.D. thesis project in Bioinformatics is related to algorithms and software for RNA structure prediction. We have the ambition to make substantial progress in: 1. Predicting RNA secondary structures while taking into account non-canonical interactions between nucleotides. 2. Constructing three-dimensional structures from these predicted secondary structures. At the methodological level, these problems will require the design and study of graph algorithms, the development of computer programs that implement them, their application to biological data, and the evaluation of the quality of their predictions compared both to the experimental biological data and to the state-of-the-art methods.