Modélisation mathématique des dynamiques hôtes-parasites ; de l’écologie parasitaire à l’écologie du génome
Auteur / Autrice : | Alheli Flores Ferrer |
Direction : | Sébastien Gourbière |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biologie |
Date : | Soutenance le 14/06/2019 |
Etablissement(s) : | Perpignan |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Énergie environnement (Perpignan) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Laboratoire Génome et Développement des Plantes (Perpignan) - Laboratoire Génome et développement des plantes / LGDP |
Jury : | Examinateurs / Examinatrices : Dominique Pontier, Serge Morand, Jean-Marc Deragon, Sophie Sanchez |
Rapporteurs / Rapporteuses : Dominique Pontier, Serge Morand |
Mots clés
Résumé
Ce document est dédié à la modélisation dynamique des interactions hôtes-parasites. Il porte sur deux modèles biologiques très différents, mais étudiés à l’aide de modèles épidémiologiques standards construits à partir de systèmes dynamiques à compartiments. La première contribution est l’implémentation d’un modèle ‘micro-parasites’ pour étudier la transmission du parasite protozoaire Trypanosoma cruzi, agent étiologique de la trypanosomiase américaine (ou ‘maladie de Chagas’), au sein d’une communauté d’hôtes synanthropiques et domestiques. L’analyse du modèle mathématique montre pour la première fois dans ce système biologique un effet de dilution associé aux hôtes aviaires, ainsi que la possibilité de réduire la transmission à l’homme par modification de la composition de la communauté d’hôtes domestiques. La seconde contribution porte sur la dynamique des ‘parasites génomiques’ que sont les éléments transposables. En utilisant les analogies entre concepts de génomique et d’écologie proposées par l’approche d’ « Écologie du génome », il a été possible d’adapter des modèles développés pour les ‘macro-parasites’ à la dynamique d’éléments transposables de classe 1, les retro-transposons. L’analyse de cesmodèles permet de formuler des hypothèses sur l’importance relative de la démographie des hôtes, de la distribution du nombre de copies entre les individus et des mécanismes moléculaires de silencing de ces éléments, sur leurpersistance au sein de population d’hôtes se reproduisant de façon asexuée.