Microbiote ancien versus microbiote contemporain : analyses culturomics, métagénomique et comparaisons génomiques
Auteur / Autrice : | Pamela Afouda |
Direction : | Didier Raoult |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Microbiologie |
Date : | Soutenance le 21/11/2019 |
Etablissement(s) : | Aix-Marseille |
Ecole(s) doctorale(s) : | Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Mephi (Marseille) - Méditerranée Infection |
Jury : | Président / Présidente : Valérie Moal |
Examinateurs / Examinatrices : Valérie Moal, Ziad Daoud, Max Maurin | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Ziad Daoud, Max Maurin |
Mots clés
Résumé
L’exploration du microbiote humain a connu un tournant ces dernières années avec l’apport significatif de l'approche « microbial culturomics », qui a permis d’augmenter de façon considérable le répertoire de microbes humain cultivables. Mais cette approche n’a jamais été appliquée à l’étude d’écosystèmes anciens. Dans cette thèse, nous avons associé culturomics et métagénomique pour explorer la composition bactérienne d’un échantillon environnemental ancien vieux de 2,7 millions d’années : le permafrost sibérien. Nous avons identifié 28 espèces bactériennes que nous avons séquencées puis comparer à leurs homologues contemporaines en analysant leurs profils de résistances et en étudiant leurs évolutions génomiques principalement par détermination de la composition en SNPs dans les génomes. Les souches du permafrost hébergeaient de 2-51 gènes de résistances appartenant à 20 classes d’antibiotiques différentes et étaient phénotypiquement résistantes à 2-8 classes d’antibiotiques différentes. L’étude génomique montre que la contenance génomique des souches contemporaines et anciennes étaient similaires mettant ainsi en évidence une évolution moléculaire réduite pendant 2,7 millions d’années.Dans un second travail, nous avons évalué l’impact de « la désinfection à l’éthanol » sur la composition du microbiote intestinal pouvant servir de bactériothérapie. L’application de 22 conditions de culture sur 11 selles de donneurs de greffes fécales désinfectées à l’éthanol a identifié 254 espèces bactériennes majoritairement anaérobies. Parmi elles, 242 n’avaient jamais été signalées en essais de bactériothérapie et représentent des candidats potentiels pour des études futures.