Caractérisation transcriptomique de l’hétérogénéité des lésions à potentiel malin et des carcinomes épidermoïdes HPV-négatifs de la cavité orale

par Jean-Philippe Foy

Thèse de doctorat en Cancérologie

Sous la direction de Alain Puisieux et de Pierre Saintigny.

Soutenue le 22-05-2018

à Lyon , dans le cadre de École Doctorale de Biologie Moléculaire Intégrative et Cellulaire (Lyon) , en partenariat avec Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (laboratoire) et de Université Claude Bernard (Lyon) (établissement opérateur d'inscription) .

Le président du jury était Patrick Goudot.

Le jury était composé de Alain Puisieux, Pierre Saintigny, Cécile Badoual, Chloé Bertolus.

Les rapporteurs étaient Ellen Van Obberghen-Schilling, Vassili Soumelis.


  • Résumé

    La morbi-mortalité élevée des carcinomes épidermoïdes de la cavité orale (CECO), qui peuvent se développer à partir de lésions orales à potentiel malin (LOPM), rend indispensable le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques. Le décryptage de l’hétérogénéité moléculaire aux différentes étapes de la carcinogénèse orale pourrait permettre de personnaliser les stratégies thérapeutiques de prévention et de traitement de ces cancers. Notre objectif était de caractériser l’hétérogénéité transcriptomique des LOPM et des CECO.Nous avons d’abord défini des signatures transcriptomiques associées aux changements histologiques de la carcinogénèse orale observés dans le modèle murin induit par le 4-NQO, montrant la pertinence de l’analyse de la dynamique temporelle du transcriptome pour améliorer la prévention des CECO. Cependant, ce modèle ne représentant qu’un sous-groupe particulier des CECO, nous avons ensuite étudié l’hétérogénéité inter-lésionnelle des LOPM en identifiant deux sous-types transcriptomiques principaux nommés « classical » et « immunological », qui sont caractérisés par différents biomarqueurs de risque de CECO.Au stade invasif, nous avons également étudié l’hétérogénéité transcriptomique des CECO HPV-négatifs entre les patients non-fumeurs non-buveurs (NFNB) et les patients fumeurs buveurs (FB). Le microenvironnement immunitaire était la principale différence biologique entre NFNB et FB, suggérant un bénéfice accru des immunothérapies chez les NFNB. Le profil transcriptomique de réponse antivirale observé dans les CECO des NFNB pourrait être en faveur de leur origine virale. En conclusion, l’hétérogénéité transcriptomique des LOPM et CECO suggère de personnaliser les stratégies thérapeutiques des patients porteurs de ces lésions

  • Titre traduit

    Transcriptomic heterogeneity of oral premalignant lesions and HPV-negative oral squamous cell carcinomas


  • Résumé

    Oral squamous cell carcinomas (OSCC), which may develop from oral premalignant lesions (OPL), are associated with a substantial morbidity and mortality. A better understanding of the molecular heterogeneity at different steps of oral carcinogenesis may help to refine prevention and treatment strategies of patients suffering from OPL and OSCC. Our goal was to decipher transcriptomic hetereogeneity of OPL as well as OSCC. Using the 4-NQO murine model of oral carcinogenesis, we first identified transcriptomic signatures that characterized the dynamics of gene expression changes through different stages of disease progression, and that could be relevant for refining prevention strategies. Because this model represents only a subgroup of patients suffering from OSCC, we then investigated inter-OPL molecular heterogeneity. We identified two distinct gene expression subtypes, which were named classical and immunological and were characterized by different biomarkers of cancer risk. At invasive steps, we investigated transcriptomic heterogeneity between HPV-negative OSCC from never-smoker never-drinker (NSND) and smoker drinker (SD) patients. The immune microenvironment was the main biological difference between OSCC from NSND and SD, suggesting higher clinical benefit of immunotherapies in OSCC from NSND. The antiviral gene expression profile of OSCC from NSND could suggest a viral origin.In conclusion, we investigated transcriptomic heterogeneity of OPL as well as OSCC, that could help to refine their prevention and treatment strategies

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