Approche informationnelle de l’imagerie de contraste de phase par rayonnement synchrotron : Applications précliniques à l’imagerie du cerveau du petit animal

par Hugo Rositi

Thèse de doctorat en Ingénierie biomédicale

Sous la direction de Carole Frindel et de Marlène Wiart.

Soutenue le 23-10-2015

à Lyon, INSA , dans le cadre de ED Interdisciplinaire Sciences-Santé , en partenariat avec CREATIS - Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image pour la Santé, UMR5220 (Lyon, Rhône) (laboratoire) et de Centre de recherche en applications et traitement de l'image pour la santé / CREATIS (laboratoire) .

Le président du jury était Jean-Christophe Olivo-Marin.

Le jury était composé de Carole Frindel, Marlène Wiart, Jean-Christophe Olivo-Marin, Alain Dieterlen, Daniel Sage, David Rousseau.

Les rapporteurs étaient Alain Dieterlen, Daniel Sage.


  • Résumé

    L’histologie virtuelle est un domaine qui suscite un intérêt de recherche croissant. Nous nous intéressons à une de ces techniques en particulier via l’imagerie de contraste de phase par rayonnement synchrotron. Cette imagerie nous permet d’observer des cerveaux de souris intacts avec une résolution spatiale de 8µm isotropique, soit une résolution similaire à celle d’une histologie optique classique mais sans endommager les tissus par des colorations ou des marquages spécifiques. Ces travaux de thèse sont organisés autour de trois grands axes. Un premier axe présente l’instrumentation photonique qui permet l’obtention du contraste de phase et le paramétrage original qui est proposé pour l’acquisition d’échantillons biologiques de composition hétérogène. Un second axe présente différents traitements d’images développés pour des tâches informationnelles précises telles que l’optimisation de la visualisation, la détection d’agrégats cellulaires et la tractographie de structures fibreuses. Enfin, une application biomédicale de ces traitements est proposée via la détection et la quantification de nanoparticules d’oxyde de fer dans un modèle expérimental d’accident vasculaire cérébral.

  • Titre traduit

    Information based approach of the phase contrast imaging by synchrotron radiation : Preclinical applications to brain imaging of the small animal


  • Résumé

    Virtual histology is a field of investigation with growing interest in the commmunity of bioimage analysis. We focus on one of these techniques with the phase contrast tomography using synchrotron radiation. This technique allows us to visualize mice brains with no impact and with a spatial resolution of 8µm isotropically, which is a resolution similar to the one obtained with classic optical histology but without damaging samples with specific dyeing. This thesis is organized along three main axes. The first one presents photonic instrumentation which gives us access to the phase information and the original setting of a reconstruction parameter for the acquisition of biological heterogeneous samples. A second axis shows several image processing developed in order to address different informational tasks such as visual optimization, cellular aggregates detection or fiber tractography. Eventually, a biomedical application of these process is proposed by adressing detection and quantification of iron oxide nanoparticles in an experimental model of stroke.


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