Réalisation d'ontologies de tâches et de domaine en bioinformatique et utilisation de la sémantique pour l'appariement semi-automatique de services Web

par Nicolas Lebreton

Thèse de doctorat en Médecine. Génie biologique et médical

Sous la direction de Anita Burgun et de Olivier Dameron.

Soutenue en 2010

à Rennes 1 , dans le cadre de École doctorale Vie-Agro-Santé (Rennes) , en partenariat avec Université européenne de Bretagne (autre partenaire) .


  • Résumé

    Les tâches bioinformatiques impliquent une analyse des données à une grande échelle qui requiert l'intégration de services Web à partir de plates-formes hétérogènes. La composition des services Web est faite en utilisant des workflows qui sont paramétrés manuellement par des utilisateurs. Il est désirable de pouvoir améliorer cette composition pour faciliter les analyses biologiques. La contribution de notre travail est de valider notre approche en démontrant comment une description suffisamment riche des services Web autorise leur composition semi-automatique. Nous proposons un algorithme qui une fois l'ordre des services déterminé par l'utilisateur, va vérifier la compatibilité sémantique des sorties des services Web avec les entrées des services Web suivants. Les résultats montrent que les technologies existantes supportent la semi-automatisation de la composition des services Web, et que le facteur limitant est le manque d'ontologies de domaine et de tâches suffisamment précises.

  • Titre traduit

    Reusing task and domain ontologies in bioinformatics and using semantics for semi-automatic matching of Web services


  • Résumé

    Bioinformatics tasks tipically involve large scale data analysis that require the integration of Web services from heterogeneous platforms. Web services composition is done by using workflows and currently done manually by users. It is desirable to improve the composition of Web services. The contribution is to validate our approach by assessing how the semantically-rich description of Web services allows their automatic composition. We propose also an algorithm that once the order of the Web service have been determing by the user, will check the semantic compatibility of each Web service outputs with the next Web service inputs. The result shows that existing technologies support semi-automating composition and execution of Web services, and that the current limiting factor to a wider use is the lack of precise enough task and domain ontologies.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (X-206 f.)
  • Annexes : Bibliogr. f. 184-205 (299 réf.). Index f. VI-X, 206. Annexe

Où se trouve cette thèse\u00a0?

  • Bibliothèque : Université de Rennes 1. Service commun de la documentation. BU Villejean Santé.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 370050/2010/142/D
  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire de santé (Paris). Pôle pharmacie, biologie et cosmétologie.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : MFTH 9338
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