Développement d'outils moléculaires d'identification et d'analyse de la biodiversité de l'écosystème bactérien du saumon fumé

• Auteur / Autrice : Cinta Nuranisa Rachman
• Direction : Xavier Dousset
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie. Biologie moléculaire
• Date : Soutenance en 2004
• Etablissement(s) : Nantes
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale chimie biologie (Nantes)
• Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université de Nantes. Faculté des sciences et des techniques

Mots clés

Mots clés contrôlés

Marqueurs génétiques

Bactéries

Poisson fumé

Résumé

Les outils moléculaires PCR, PCR-RFLP basés sur le polymorphisme de la région intergénique (ISR) 16S-23S de l'ADNr ont été développés pour l'identification spécifique et rapide de bactéries du saumon fumé : Lactobacillus farciminis, Lb. Alimentarius, les huit espèces de Carnobacterium et Photobacterium phosphoreum. Ces méthodes ont été validées par l'identification d'un grand nombre d'isolats bactériens de ce produit. En parallèle, la dynamique de bactéries du saumon fumé au cours du stockage au froid pendant 5 semaines a été suivie par la méthode TTGE (Temporal Temperature gradient Gel Electrophoresis). L'ADN bactérien a été extrait directement de la matrice, sans culture préalable des bactéries. La TTGE a permis de détecter toutes les espèces bactériennes identifiées par les méthodes moléculaires. Par électrophorèse en champ pulsé en utilisant l'enzyme I-CeuI, le nombre de copies de l'opéron rrn a été déterminé et la taille du génome des huit espèces de Carnobacterium a été estimée.

Molecular tools based on the polymorphism of 16S-23S rDNA intergenic spacer region (ISR) were established for specific and rapid identification of bacteria isolated from smoked salmon: Lactobacillus farciminis, Lb. Alimentarius, the eight Carnobacterium species and a spoilage bacterium, Photobacterium phosphoreum. The ISR sequence analysis allowed the construction of specific primers for these species. These tools have been applied to identify bacterial isolates from this product. Furthermore, the dynamic of bacteria in smoked salmon was monitored by TTGE (Temporal Temperature gradient Gel Electrophoresis) method. The bacterial DNA was extracted directly from smoked salmon, without bacterial culture. The TTGE technique allowed the detection of the same bacterial species identified by molecular tools developed in this study. The copy number of rrn operon has also been determined by PFGE using I-CeuI enzyme, allowing the estimation of the genome size of each Carnobacterium species.