Un complexe ARN-peptide révèle des mécanismes de co-stabilisation entre ARN et peptide
Auteur / Autrice : | Valérie Calabro |
Direction : | Hervé Darbon |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Chimie moléculaire et molécules bioactives |
Date : | Soutenance en 2003 |
Etablissement(s) : | Aix-Marseille 3 |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Résumé
Une large variété de protéines dont deux protéines du VIH-1 (virus d'immunodéficence humaine de type I) contiennent un domaine riche en arginine, un motif de reconnaissance entre ARN-protein. Ce motif, ne possédant souvent pas de structures tertiaires en absence d'ARN, adopte différentes conformations quand il se fixe sur ce dernier. Notre étude montre que le motif riche en arginine de la protein Tat du virus JDV (virus de la maladie de Jembrana) est capable de reconnaître deux ARNs distincts, l'ARN du VIH-1 et l'ARN du BIV (virus d'immunodeficence bovin), adoptant différentes conformations et utilisant différents acides aminés pour la reconnaissance. De plus, le changement de structure du domaine confère à la proteine Tat de JDV la capacité d'utiliser deux stratégies de fixation, stratégie dépendante ou indépendante de la protéine cycline T1. Nos expériences de mutagénèse montrent que seuls des changements de séquence modérés peuvent être suffisants pour conférer de nouvelles spécificités aux peptides. Nos études structurales du complex JDV Tat-BIV TAR ont permis d'identifier les déterminants responsables de la haute affinité de ce complexe comparée à celle du complexe natif et révèlent de nouveaux mécanismes de co-stabilisation entre peptide et ARN. De plus, deux importants concepts émergent de cette étude: la structure des peptides s'adapte pour contacter l'ARN; réciproquement les peptides et les protéines peuvent moduler la conformation de l'ARN.