Norovirus et huître : infectiosité et approche génomique

Norovirus and oysters : infectivity and genomic approach

• Auteur / Autrice : Sofia Strubbia
• Direction : Soizick Le Guyader, Jacques Le Pendu
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie
• Date : Soutenance le 04/12/2019
• Etablissement(s) : Nantes
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la mer et du littoral (Plouzané)
• Partenaire(s) de recherche : COMUE : Université Bretagne Loire (2016-2019)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie
• Jury : Président / Présidente : Nathalie Ruvoen-Clouet
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Marion P. G. Koopmans
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Maël Bessaud, Albert Bosch

Mots clés

Mots clés contrôlés

Norovirus

Métagénomique

Huîtres

Virus entériques

Mots clés libres

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Résumé

Cette thèse a été réalisée dans le cadre du projet Européen H2020 COMPARE qui a pour ambition d’améliorer et de faciliter la détection et la prise de décision face à la survenue d'épidémies chez l’Homme ou l‘animal en utilisant des nouveaux outils de séquençage génomique. Mes recherches ont ciblé les norovirus, connus comme les principaux agents de gastroentérite virale humaine. Leur variabilité génétique élevée et les fréquents évènements de recombinaisons associés à une forte résistance dans l’environnement contribuent à la survenue régulière de ces épidémies de gastroentérites hivernales. Les huîtres élevées dans des zones côtières contaminées peuvent accumuler les norovirus pendant leur activité de filtration. L’utilisation des nouvelles techniques de séquençage haut débit et d'infectiosité sur entéroîdes, nous ont permis de progresser dans la compréhension des mécanismes de survie et de dissémination des souches de norovirus. La préparation de l'échantillon (eaux usées ou coquillages), est primordiale pour concentrer et purifier les norovirus avant d'appliquer les méthodes de metagénomique. Les méthodes développées et optimisées dans cette thèse pour ces matrices, nous ont permis de caractériser des génomes complets de norovirus. Disposer de méthode sensible permettant d'identifier les norovirus mais également les autres virus entériques humains, émergents ou re-émergents permettra dans le futur de limiter leur transmission. L'utilisation des cellules souches intestinales nous a permis de démontrer, pour la première fois, la persistance des norovirus dans l'eau de mer.

This thesis is part of the H2020 COMPARE project, which aims to accelerate the detection and decision-making of humans and animals outbreaks through the use of new genomic sequencing tools. My research focused on noroviruses, known as the main agents of human viral gastroenteritis. Their great genetic variability, the recurrence of new recombination and the high resistance in the environment contribute to the regular occurrence of winter gastroenteritis outbreaks. Oysters farmed in contaminated coastal areas may accumulate noroviruses during their filtration activity. The use of new high throughput sequencing techniques and the novel cell culture approach to study norovirus infectivity has enabled us to progress in understanding the mechanisms of survival and dissemination of norovirus strains. Sample preparation (sewage or shellfish), is essential to concentrate and purify noroviruses before applying metagenomic methods. The methods developed and optimized in this thesis for theses matrices, allowed us to characterize complete genomes of norovirus. Having a sensitive method for identifying noroviruses but also other human, emerging or re-emerging, enteric viruses will help in the future to limit their transmission. The use of intestinal stem cells has allowed us to demonstrate, for the first time, the persistence of noroviruses in seawater.