Séquençage et PCR à haut débit : application à la détection et la caractérisation d'agents pathogènes respiratoires aviaires et au contrôle de pureté microbiologique des vaccins
Auteur / Autrice : | Guillaume Croville |
Direction : | Thierry Dupressoir, Jean-Luc Guérin |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biologie cellulaire et moléculaire et sciences de la santé |
Date : | Soutenance le 30/10/2017 |
Etablissement(s) : | Paris Sciences et Lettres (ComUE) |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale de l'École pratique des hautes études (Paris) |
Partenaire(s) de recherche : | Établissement de préparation de la thèse : École pratique des hautes études (Paris ; 1868-....) |
Laboratoire : Diversité, génomes et interactions microorganismes-insectes (Montpellier) | |
Jury : | Président / Présidente : Jacques Izopet |
Examinateurs / Examinatrices : Thierry Dupressoir, Jean-Luc Guérin, Jacques Izopet, Thérèse Commes-Maerten, Étienne Thiry | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Thérèse Commes-Maerten, Étienne Thiry |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Résumé
La capacité de détection des agents pathogènes est un enjeu croissant tant les maladies infectieuses représentent un risque pour la santé animale et humaine. La globalisation des échanges commerciaux et des voyages, l’évolution des pratiques agricoles, les changements climatiques ou encore les migrations de masse sont autant de facteurs bouleversant la biologie des micro-organismes et de fait, leurs capacités d’émergence. Ce manuscrit décrit trois approches complémentaires, basées sur trois techniques innovantes de biologie moléculaire pour la détection d’agents pathogènes et appliquées à trois contextes différents : (i) la recherche d’une liste précise de micro-organismes par PCR quantitative en temps réel en format microfluidique, (ii) la détection sans a priori d’agents infectieux dans un milieu complexe par métagénomique et séquençage Illumina (Miseq) et (iii) le génotypage d’un agent infectieux sans amplification préalable des génomes par NGS (Nouvelles Générations de séquençage) de troisième génération, le MinION d’Oxford Nanopore Technologies. Ces trois études ont permis de montrer l’apport de ces techniques, qui présentent toutes des caractéristiques distinctes, adaptées à différentes applications. Au-delà de l’application de ces techniques au domaine du diagnostic microbiologique, leur utilisation dans le cadre du contrôle des médicaments immunologiques vétérinaires est une perspective prioritaire de ce travail. En effet, les préparations vaccinales vétérinaires sont soumises à l’obligation de recherche d’une liste d’agents pathogènes à exclure mais également à la vérification de l’identité génétique des souches vaccinales. L’accessibilité et les performances exponentielles des nouvelles technologies de PCR et de séquençage ouvrent ainsi des perspectives révolutionnaires dans le domaine du diagnostic et du contrôle microbiologique.