Circulation des Phlébovirus en Turquie, Iran et Algérie : Isolement de virus, caracterisation génomique, évolution and épidémiologie

Emerging sandfly-borne phleboviruses in Turkey, Iran, and Algeria : Virus isolation, characterization, evolution, and epidemiology

• Auteur / Autrice : Çiğdem Alkan Yirci
• Direction : Rémi Charrel
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 01/06/2015
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité des virus émergents (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Xavier de Lamballerie
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Rémi Charrel, Xavier de Lamballerie, Bulent Alten, Hideki Ebihara, Koray Ergunay
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Bulent Alten, Hideki Ebihara

Mots clés

Mots clés contrôlés

Phlebotomus

Infections à Bunyaviridae

Virus de la fièvre à phlébotomes de Naples

Psychodidae

Phlebovirus

Fièvre à phlébotomes

Vecteurs insectes

Variation génétique

Études séroépidémiologiques

Mots clés libres

Phlebovirus

Toscana virus

Sandfly fever Sicilian virus

Sandfly fever Naples virus

Tehran virus

Corfou virus

Découverte de virus

Séquençage de nouvelle génération

Séroprévalence

Phlébotomes.

Phlebovirus

Toscana virus

Sandfly fever Sicilian virus

Sandfly fever Naples virus

Tehran virus

Corfou virus

Virus discovery

Next generation sequencing

Seroprevalence

Phlebotomine sandflies.

Résumé

Circulation des Phlébovirus en Turquie, l'Iran et l'Algérie a été étudiée. L'isolement, la caractérisation génomique, les relations phylogénétiques de six virus ont été présentées: le virus Adana (ADAV), deux souches de virus Toros (TORV), le virus Zerdali (ZERV) de la Turquie; le virus Dashli (DASHV) de l'Iran; le virus Toscana (TOSV) d'Algérie. Cette étude a commencé avec la collection de 38,131 phlébotomes de la nature. La méthode de séquençage de nouvelle génération (NGS) à haut débit nous à été utilisée pour l’analyse des génomes complet des virus isoles. En conclusion, cette étude a d'importantes contributions sur phlébovirus négligées. Voici quelques-unes des contributions significatives; (i) ZERV et TORV qui sont étroitement apparentés au virus Tehran (THEV) et le virus Corfou (CFUV), respectivement, ont été isolés depuis 56 et 30 ans des premiers isolements de THEV et CFUV, respectivement, (ii) Détection du virus ADAV un animal domestique et sur quelques sérums humain par test de neutralisation. Ce virus ADAV constitue avec le virus le virus (SALV), le virus Arbia (ARBV), et le virus (ADRV) le groupe Salehabad. Seul le virus ADRV a été détectée dans le liquide cérébro-spinal auparavant landais que avec les autres, aucune preuve pathogène n’a été détectée, (iii) Nous avons découvert la plus récente circulation phlébovirus en Iran après 56 années, (iv) TOSV a été isolé en Algérie pour la première fois et la circulation a été confirmée par séropositivités dans le sérum humain.

Sandfly-borne phlebovirus circulation in Turkey, Iran, and Algeria was investigated. The isolation, genomic characterization, phylogenetic relationships of 6 viruses was presented: Adana virus (ADAV), two strains of Toros virus (TORV), Zerdali virus (ZERV) from Turkey; Dashli virus (DASHV) from Iran; Toscana virus (TOSV) from Algeria. This study has begun with the collection of 38,131 sandflies from nature. The well established, high-throughput methodology was applied for the discovery of viruses including PCR tools and cell culture methods. Next generation sequencing (NGS) technology facilitated to perform complete genome analysis of the isolated viruses. In conclusion, this study has contributions to the neglected sandfly-borne phlebovirus group and filled some gaps about the circulation of these agents in Turkey, Iran, and Algeria. Following are some significant contributions; (i) ZERV and TORV which are closely related to Tehran virus (THEV) and Corfou virus (CFUV), respectively were isolated after 56 and 30 years of the first isolations of THEV and CFUV, respectively, (ii) There was no evidence of the pathogenicity of Salehabad virus (SALV) and Arbia virus (ARBV) except the detection of Adria virus (ADRV) in CSF until ADAV which belongs to the Salehabad serocomplex was detected in domestic animal and very few human sera by neutralization assay, (iii) We have discovered the most recent sandfly-borne phlebovirus circulation in Iran after 56 years, (iv) TOSV was isolated in Algeria for the first time and circulation was confirmed by seropositivities in human sera.