Etude structurale et dynamique par rmn de deux familles de peptides : antiagregants plaquettaires inhibiteurs de proteases

Structural and dynamic study by rmn of 2 families of peptides: antiaggregants and serine proteinase inhibitors

• Auteur / Autrice : GEORGES MER
• Direction : Jean-François Lefèvre
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées
• Date : Soutenance en 1996
• Etablissement(s) : Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008)

Résumé

Nous avons determine les structures tridimensionnelles, par resonance magnetique nucleaire (rmn), de trois inhibiteurs de proteases a serine de l'insecte locusta migratoria: pmp-c, pmp-c fucosyle (la forme naturelle) et pmp-d2. Les trois molecules ont des structures tertiaires tres similaires. Elles comportent trois ponts disulfure et presentent un court feuillet beta a trois brins antiparalleles s'organisant autour d'un cur de residus hydrophobes. Cette etude, associee a une analyse fonctionnelle realisee dans le groupe de helene hietter (institut de neurochimie du cnrs, strasbourg), a permis de montrer que le site reactif est situe entre deux demi-cystines de l'extremite carboxy-terminale et que ces peptides sont les premiers representants d'une nouvelle famille d'inhibiteurs de proteases. D'un point de vue plus fondamental, par la mesure des parametres de relaxation du carbone 13, nous avons montre que pmp-d2 etait anime de mouvements lents (dans le domaine de la milliseconde). Ces mouvements pourraient etre relies a l'isomerisation conformationnelle d'un ou plusieurs ponts disulfure. Une etude comparee des deux formes de pmp-c (avec et sans fucose) nous a permis d'analyser l'effet d'une glycosylation sur la structure et la dynamique d'un peptide. Nos resultats montrent que le fucose adopte une orientation privilegiee, qu'il ne modifie pas la conformation de la chaine principale du peptide, mais qu'il affecte la dynamique interne et stabilise la molecule. L'energie de stabilisation est d'environ 1 kcal/mol a 20c. D'autre part, nous presentons l'analyse conformationnelle d'une serie de peptides antiagregants plaquettaires. Cette etude a revele que les carbones et protons alpha d'une sequence antiagregante du type arg-gly-asp-phe en coude beta etaient superposables aux carbones et protons alpha des memes residus dans une sequence arg-gly-xxx-phe-asp en helice alpha. Ces travaux ont par ailleurs debouche sur l'utilisation d'une petite toxine de scorpion comme support pour fixer une sequence donnee d'acides amines dans une conformation en helice alpha