Cartographie physique de la region hla de classe i etude de nouveaux genes de structure

Physical mapping of the hla class i region study of new structural genes

• Auteur / Autrice : Laurent Pichon
• Direction : Jean-Yves Le Gall
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques
• Date : Soutenance en 1996
• Etablissement(s) : Rennes 1

Résumé

Le gene de l'hemochromatose a ete, dans un premier temps, localise dans la region du complexe majeur d'histocompatibilite de classe i humain, sur le bras court du chromosome 6, en 6p21. 3, a moins d'un centimorgan du gene hla-a. Par la suite, des etudes de desequilibre de liaison entre le gene de l'hemocrhromatose et des marqueurs de type rflp, ont pense localiser le gene dans une region de 450 kilobases centree sur le locus hla-a. Sur la base de ces resultats, le laboratoire a entrepris d'isoler de nouveaux genes dans cette region, par une technique de selection d'adnc appliquee sur le yac b30h3, recouvrant les 150 kb de la partie centromerique de la region d'interet. Sept nouveaux genes appeles hcg (pour hemochromatosis candidate gene) et numerotes de i a vii, ont ete isoles. Deux d'entre eux (hcgii et hcgiv) se sont reveles appartenir a des familles multigeniques dont les membres sont repartis a travers l'ensemble de la region hla de classe i. Afin d'etendre la recherche de nouvelles sequences codantes a l'ensemble des 450 kb de la region d'interet, j'ai entrepris l'etude de nouveaux yacs recouvrant la totalite de cette region et realise un contig de yacs non chimeriques de 800 kb, centre sur le gene hla-a. L'etablissement de la cartographie physique de ce contig a necessite le sous clonage de l'un des yacs en plasmide. Parmi les sous clones obtenus, deux se sont reveles correspondre a des nouvelles sequences codantes qui ont ete appelees hcgviii et hcgix. L'analyse du gene hcgix a montre son association en cluster avec une autre famille de genes, la famille perb11, dont les membres sont repartis a travers toute la region hla de classe i. L'analyse du gene hcgviii n'est pas achevee mais elle a deja permis de definir un nouveau rflp specifiquement associe a l'hapotype hla-a11. En parallele, je me suis interesse aux deux familles multigeniques hcgii et hcgiv. La localisation physique des differents loci de ces deux familles n'a pu etre definitivement etablie que grace a l'etablissement d'un contig de cosmides issus de la banque specifique du chromosomes 6 (rldb). L'etude de contig a permis de preciser l'organisation des loci correspondant a ces deux familles et de les localiser par rapport aux loci de trois autres familles multigeniques decrites dans cette region, les familles p5. 1, pmc6. 7 et hla-a. Ces loci sont organises en clusters plus ou moins identiques, dont le nombre rend compte, en partie, du polymorphisme de taille observe entre les haplotypes hla-a3, a24 et a31. Cette organisation est vraisemblablement le resultat de remaniements successifs et complexes de la region hla de classe i au cours de l'evolution