Isolement, caractérisation et utilisation d’une collection de souches de Vibrio spp. en vue de la mise au point d’un produit de phagothérapie pour les élevages de crevettes

Isolation, caracterization and use of a Vibrio spp. collection in order to develop a phage therapy product for shrimp aquaculture.

• Auteur / Autrice : Antoine Culot
• Direction : Florence Val
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie, virologie et parasitologie
• Date : Soutenance le 09/12/2020
• Etablissement(s) : Rennes, Agrocampus Ouest
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes ; 2016-2022)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf / STLO
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Pascal Garry, Catherine Schouler
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Romain Briandet

Mots clés

Mots clés libres

Phagothérapie

Vibrio spp.

Aquaculture

Crevette

Phage therapy

Vibrio spp.

Aquaculture

Shrimp

Résumé

D’après l’ONU, le peuplement humain atteindra 9,7 milliards en 2050. Cette population à venir devra être accompagnée d’une augmentation de la production alimentaire don l’aquaculture est pressentie pour prendre la plus grande part. Le développement de cette industrie est cependant menacé par la diminution forcée de l’utilisation d’antibiotiques, qui sont utilisés pour traiter les maladies bactériennes comme les vibrioses. Parmi les solutions envisagées pour remplacer ces derniers, les bacteriophages (phages), qui sont des virus de bactéries, semblent prometteurs. L’objectif du projet dont le travail décrit dans ce document est la première partie est d’obtenir des phages capables de traiter les vibrioses, dans les élevages de crevettes.La première étape de la stratégie utilisée est la construction et la caractérisation d’une collection de souches de Vibrio spp. Celle-ci a été ensuite utilisée pour rechercher et caractériser des phages. Une souchothèque de 234 souches de Vibrio spp. a ainsi été assemblée. L’étude du génome de 15 de ses souches a permis la découverte de 4 nouvelles espèces. Sept variants d’un phage ont été isolés et caractérisés, notamment par l’étude de leur génome. Le plan de travail expérimental mis au point, la collection bactérienne ainsi que les recommandations pour l’obtention de phages décrites dans ce document sont un premier pas vers le développement d’un produit de phagothérapie pour l’entreprise Mixscience.

Human population is going to reach 9.7 billion by 2050 according to UN. This growth needs to be followed by an increase in food production, of which aquaculture is foreseen to take the biggest part. Aquaculture industry’s growth is however threatened by the mandatory diminution of antibiotics use, which are used to treat bacterial diseases such as vibriosis. Bacteriophages (phages) are virus infecting bacteria. They are among the most promising antibiotic alternatives for aquaculture. This thesis is part of a Project that aims at gathering phages able to treat vibriosis in shrimp farms. The first step to achieve this was to build and caracterize a Vibrio spp. strain collection, which was then used to obtain phages.A 234 Vibrio spp. Strain colection was therefore built. The study of the genome of 15 strains allowed the discovery of 4 new species. And 7 phage variants were isolated and caracterized, by various techniques including genome analysis. The workflow developped in this study, the bacterial strain collection and the recommandation for phage isolation given in this document are a first step towards the developpment of a phage-based product for Mixscience company.