PCR multiplexe et biopuce pour la détection rapide d’agents infectieux

par Laëtitia Villiers

Thèse de doctorat en Biochimie

Sous la direction de Christophe A. Marquette.

Le président du jury était Loïc Blum.

Le jury était composé de Christophe A. Marquette, Emmanuelle Laurenceau, Franck Molina, Max Maurin, Carole Chaix.

Les rapporteurs étaient Emmanuelle Laurenceau, Franck Molina, Max Maurin.


  • Résumé

    Les travaux présentés dans cette thèse ont été réalisés dans le cadre projet Européen H2020 FAPIC (« Fast Assay for Pathogen Identification and Characterization »), dont le but est de développer deux outils de diagnostic automatisés. Chacun permet l’identification au sein d’un seul test de 53 pathogènes et genres bactériens ainsi que l’identification de 40 gènes de résistance, directement à partir d’échantillons de sang. La première partie du travail présenté dans ce manuscrit concerne le processus de sélection des cibles génétiques qui seront détectées avec ce test et la conception des sondes et des amorces ainsi que l’optimisation des protocoles de PCR multiplexes et d’hybridation sur les biopuces. Une deuxième partie de ce manuscrit concerne le développement du logiciel d’analyse afin d’identifier les pathogènes et gènes de résistance à partir des images obtenues sur les biopuces. La reconnaissance des cibles s’effectue à l’aide de seuils d’intensités et/ou à un système de reconnaissance de signatures spécifiques associées à chaque pathogène. La troisième partie des travaux décrit les performances de ce test et l’identification des cibles à partir d’ADN extrait de souches bactériennes, puis provenant d’échantillons de sang artificiellement contaminés et enfin à partir d’échantillons cliniques de patient

  • Titre traduit

    Microarrays and Multiplex PCR for the identification and characterization of pathogens


  • Résumé

    The work presented in this thesis is part of the European project H2020 FAPIC (Fast Assay for Pathogen Identification and Characterization), which aims to develop two automated diagnostic platforms, allowing the identification of 53 pathogens and bacterial genus as well as the identification of 40 resistance genes, directly from blood samples and within a single test. The first part of the work presented in this manuscript concerns the selection process of the genetic targets that will be identified in this test, the design of primers and probes and the optimization of the protocols of the multiplex PCR and microarrays. The second part of this manuscript concerns the development of the analysis software in order to identify pathogens and resistance genes from pictures of the microarrays. The recognition of the targets is carried out through the use of intensity thresholds and/or using a recognition system, specific towards patterns associated with each pathogen. The third part of this work describes the test performance and the identification of the targets from extracted bacterial strains DNA, then using samples artificially contaminated blood sample and finally using clinical blood samples from patient


Il est disponible au sein de la bibliothèque de l'établissement de soutenance.

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe

Où se trouve cette thèse\u00a0?

  • Bibliothèque : Université Claude Bernard. Service commun de la documentation. Bibliothèque numérique.
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.