Identification de nouveaux genes responsables d'anomalies du développement par séquençage haut débit d'exome

par Mathilde Becmeur-Lefebvre (Lefebvre)

Thèse de doctorat en Médecine, biochimie, biologie cellulaire et moléculaire, physiologie et nutrition

Sous la direction de Christel Thauvin-Robinet et de Jean-Pierre Siffroi.

Le président du jury était Emmanuel Simon.

Le jury était composé de Fabien Guimiot.

Les rapporteurs étaient Andrée Delahaye-Duriez, Antoinette Bernabe-Gelot.


  • Résumé

    Dans les syndromes polymalformatifs, les causes génétiques sont fréquentes, avec un risque éventuel de récidive, à l’origine d’une très forte demande de conseil génétique. La stratégie diagnostique actuelle (examen foetopathologique, cytogénétique et examens ciblés de biologie moléculaire) ne permet un diagnostic étiologique que dans environ un tiers des familles concernées. Depuis la mise en place du séquençage haut débit d’exome (ES), les bases moléculaires de nombreux nouveaux syndromes ont pu être identifiées.Notre objectif a été d’étudier l’apport du ES en solo dans l’identification de nouveaux gènes impliqués dans le développement embryonnaire chez des fœtus atteints de syndromes polymalformatifs non étiquetés après la stratégie diagnostique classique grâce à une stratégie d’analyse de l’ES multiétapes originale.Nous avons réalisé un ES solo chez 95 fœtus polymalformés provenant de 10 centres de diagnostic prénatal en France. L’analyse reposait dans un premier temps sur l’étude des gènes OMIM morbides grâce à des scores bioinformatiques et la présence des variations dans des bases de données, indépendamment du phénotype foetal, puis sur une étape de corrélations génotype-phénotype. Enfin, une analyse recherche basée sur les scores bioinformatiques étendue à l’ensemble de l’ES. La confirmation des variations et leur ségrégation parentale ont été réalisées par séquençage Sanger.L’ES a permis d’identifier une/des variation(s) causale(s) chez 23 fœtus (24%), des variations de signification inconnue (VUS) chez 6 fœtus (6%) et des variations dans des gènes candidats chez 6 fœtus (6%). Parmi les variations causales, la majorité était de transmission autosomique récessive (50%), 42% étaient de survenue sporadique et 4% de transmission autosomique dominante.En conclusion, l’efficacité du ES en solo (stratégie classique et additionnelle) pour identifier de nouveaux gènes du développement est faible, mais il permet d’étendre les spectres phénotypiques de pathologie pédiatrique connues. Une analyse des cas négatif en trio voire en génome est maintenant une piste à explorer.

  • Titre traduit

    Identification of new genes responsible for syndromic developmental abnormalities using whole exome sequencing


  • Résumé

    Multiple congenital anomalies (MCA) are often genetic conditions, with a risk of recurrence. The etiologic diagnosis of these conditions in fetuses is mandatory to allow genetic counseling for the future pregnancies. Regarding current diagnostic tests (fetal autopsy, cytogenetic test and targeted molecular tets), the diagnostic rate in MCA fetuses is about 30%, allowing genetic counselling in only one third of families. Exome sequencing (ES) has allowed to identify the molecular basis of many new syndromes.We aimed to assess the contribution of ES solo-based strategy to identify new developmental genes in fetuses presenting with MCA without etiological diagnosis after standard investigations with an original multistep strategy.We performed solo ES in 95 MCA fetuses from 10 prenatal diagnostic centers in France. First, we focused on OMIM related disease genes, with a first step using bioinformatic scores and public databases independently of phenotype, a second step using genotype-phenotype correlation and a third step of research analysis extended to the whole exome. Variant confirmation and parental segregation were done by Sanger sequencing. ES allowed the identification of a causative variants in 23 fetuses (24%), variants of unknown significance (VUS) in 7 fetuses (7%) and variants in new candidate genes in 6 fetuses (6%). Among causative variants, most were from autosomal recessive inheritance (50%), 42% were sporadic and 4% were from autosomal dominant inheritance. The additionnal strategy identified 17/23 causative variants, including 2 new causative variants not identified by the classical approach because of atypical or extreme fetal phenotype, and 2 new VUS. No new candidate gene was identified by this strategy.To conclude, solo ES with classical and additionnal strategy presents a low efficiency to identify new genes implicated in embryonary development but allows the extension of the clinical spectrum of well-known pediatric pathologies to the prenatal period. Trio ES or genome sequencing would be now insteresting strategies to be explored.

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