Vers une carte interactomique globale entre les effecteurs de type III conservés au sein du complexe d’espèce Ralstonia solanacearum et le protéome de la tomate

Towards a global interactomic map between the Ralstonia solanacearum species complex core type III effectors and the tomato proteome

• Auteur / Autrice : Cyrus Raja Rubenstein Sabbagh
• Direction : Fabienne Vailleau, Nemo Peeters
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Interactions plantes-microorganismes
• Date : Soutenance le 25/11/2019
• Etablissement(s) : Toulouse 3
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences écologiques, vétérinaires, agronomiques et bioingénieries (Toulouse)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Tomates

Virulence (microbiologie)

Ralstonia solanacearum

Mots clés libres

RSSC

Core T3Es

Criblage Y2H

Cibles T3E-tomates

RSSC

Core T3Es

Y2H screening

T3E-tomato targets

Résumé

La stratégie de virulence du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (RSSC) repose sur des effecteurs de type III (T3E) injectés à l'intérieur des cellules végétales via un système de sécrétion de type III. Grâce aux séquences génomiques actuellement connues de plus de 150 souches phytopathogènes du RSSC, nous avons identifié différents ensembles de core-T3E selon qu'ils sont conservés parmi toutes les souches du RSSC ou dans des souches isolées à partir d'hôtes spécifiques. Comme ces core-T3E ont été conservés au sein des souches de RSSC affectant les Solanacées, nous émettons l'hypothèse que ces déterminants doivent être importants pour la virulence. Notre objectif principal est d'identifier les cibles putatives chez la tomate pour tous ces core-T3E en utilisant des criblages systématiques par double hybride sur une banque d'ADNc de racines de tomate. De nombreuses cibles pour la tomate, dont certaines sont des ‘‘hubs’’, ont été identifiées à partir de 14 criblages. Par des approches de double hybride matriciel, nous avons confirmé et étendu le nombre de cible ‘’hub’’ à 17 candidats. La validation de certaines interactions in planta ainsi que la génétique de ces "hubs" sont poursuivies pour tester leur contribution au flétrissement bactérien. Des plantes de tomates CRISPR-Cas9 ont également été réalisés pour valider le rôle de certains de ces gènes.

The Ralstonia solanacearum species complex (RSSC) virulence strategy relies on type III effectors (T3Es) injected inside the plant cells via a type III secretion system. Thanks to the currently known genomic sequences of more than 150 phytopathogenic strains of the RSSC, we have identified different sets of core-T3Es according of being conserved among all the RSSC strains or according to strains isolated from specific hosts. As these core-T3Es have been conserved through the evolution of the RSSC strains affecting Solanaceae, we hypothesize that they must be important for virulence in tomato. Our main objective is to identify putative tomato targets for all of these core-T3Es using systematic Y2H screening against a tomato root cDNA library. Many candidate tomato targets, some of which are “hubs”, were identified from 14 screenings. These identified targets have been tested against all the core-T3Es and other effectors from different pathogens and thanks to the Y2H-pairwise-matrix, we were able to increase the number of the identified hubs up to 17 candidates. Validation of some interactions in planta as well as reverse genetics (insertion mutants in Petunia and Arabidopsis) for these “hubs” is carried on to test their contribution to the bacterial wilt. CRISPR-Cas9 tomato plants were also performed to validate the role of some of these genes.