Les trajectoires de molécules individuelles obtenues par microscopie super-résolution permettent de suivre des protéines avec une précision nanométrique dans des cellules vivantes. Dans cette thèse, j’ai étudié les régions de hautes densités présentes dans ces trajectoires, dont un modèle possible est celui des puits de potentiel. Pour les caractériser à partir de trajectoires, j’ai développé une nouvelle méthode hybride basée sur la densité de points et le champ de force local puis je l’ai comparé aux méthodes d’état de l’art. Ensuite, j’ai utilisé celle-ci pour caractériser les puits maintenant les canaux calciques Cav au niveau des zones actives des terminaux présynaptiques ce qui a permis de mieux comprendre le rôle des variantes d’épissage de ces canaux dans la transmission synaptique. Dans une autre étude, j’ai analysé des trajectoires de protéines résidant dans le lumen du Réticulum Endoplasmique (RE). J’ai créé une méthode pour reconstruire le réseau du RE à partir des trajectoires que j’ai utilisé pour caractériser le mouvement de ces molécules par un modèle de saut-diffusion qui a pour conséquence une meilleure redistribution du contenu luminal par rapport à un mouvement diffusif. Enfin, je discute d’autres analyses de trajectoires pour les intéractions lysosome-ER, les canaux Cav à la jonction neuro-musculaire de la drosophile et les protéines composant le complexe NuRD.