Epidémiologie de la colonisation digestive à Staphylococcus aureus

Epidemiology of Staphylococcus aureus intestinal colonization

• Auteur / Autrice : Julie Gagnaire
• Direction : Philippe Berthelot, Elisabeth Botelho-Nevers
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie, Médecine, Santé
• Date : Soutenance le 08/10/2019
• Etablissement(s) : Lyon
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences Ingénierie Santé (Saint-Etienne)
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Groupe sur l'immunité des muqueuses et agents pathogènes (Saint-Étienne)
• Partenaire(s) de recherche : établissement opérateur d'inscription : Université Jean Monnet (Saint-Étienne ; 1969-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Groupe sur l'immunité des muqueuses et agents pathogènes (Saint-Étienne)
• Jury : Président / Présidente : François Vandenesch
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Philippe Berthelot, Elisabeth Botelho-Nevers, François Vandenesch, Ousmane Traore, Caroline Landelle, Paul Verhoeven
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Ousmane Traore, Caroline Landelle

Mots clés

Mots clés contrôlés

Colonisation bactérienne

Infections

Réanimation

Intestins

Coloscopie

Staphylocoque doré sensible à la méticilline

Staphylocoque doré

Mots clés libres

Staphylococcus aureus

Intestin

Colonoscopie

Réanimation

Infection

Préparation intestinale

Colonisation

SASM

Staphylococcus aureus

Carriage

Intestine

Colonoscopy

Reanimation

Infection

Bowel preparation

Colonization

MSSA

Résumé

La colonisation digestive à Staphylococcus aureus est mal connue avec des travaux portant majoritairement sur la colonisation à S. aureus résistant à la méticilline. Elle est majoritairement associée à une colonisation nasale mais peut aussi être retrouvée de manière exclusive chez les porteurs. La détection de ce portage n’est pas standardisée et les données concernant sa physiopathologie sont rares. L’origine de cette colonisation reste mal définie et l’interrelation avec la colonisation nasale est peu étudiée notamment chez les patients colonisés avec des souches de S. aureus sensible à la méticilline (SASM). Contrairement à la colonisation nasale dont l’impact clinique est bien décrit, l’impact clinique de ce réservoir en association ou non avec le réservoir nasal est peu étudié. Nous avons montré, chez des patients de réanimation, qu’il existe une diversité génétique entre les souches de SASM isolées des muqueuses nasales et rectales chez un même individu et nous avons également décrit un cas d’infection endogène chez un porteur au niveau digestif exclusif suggérant un rôle de ce réservoir dans les infections à S. aureus. Nous avons identifié, chez des patients communautaires bénéficiant d’une colonoscopie, la localisation de S. aureus au niveau de biopsies coliques suggérant sa présence au niveau de la muqueuse intestinale. De plus nous avons mis en évidence un rôle de la préparation colique dans la décolonisation de S. aureus au niveau de plusieurs sites de portage. Enfin nos travaux ont également montré que, comparé au dépistage nasal seul, le dépistage du portage digestif de S. aureus permettait de dépister jusqu’à 17% de porteurs en plus.

Despite first description in the literature in the 1960s, Staphylococcus aureus intestinal colonization is not well known. Previous works mainly investigated the carriage of methicillin-resistant S. aureus. Overall, S. aureus intestinal colonization is associated with S. aureus nasal one but exclusive intestinal carriers are also described. The screening of this carriage is not standardized and different hypotheses about its physiopathology are debated. However, the origin of this colonization remains unclear and the interrelationship with nasal colonization has been poorly studied, particularly in patients colonized with methicillin-sensitive strains of S. aureus (MSSA). Unlike S. aureus nasal colonization, whose clinical impact is well described, the clinical impact of this reservoir in association or not with nose carriage is not well studied. We showed in intensive care unit patients, that there was in a same patient a significant genetic diversity between MSSA strains isolated from nasal and rectal mucosa. We also recorded a case of an endogenous infection in an exclusive rectal carrier suggesting a role of this reservoir during S. aureus infections. During the follow-up of community patients undergoing a colonoscopy, we identified, S. aureus strains in colonic biopsies suggesting the presence of this bacterium in the intestine mucosa. Additionally, we highlighted the potential role of bowel cleansing preparation to decolonize S. aureus carriers at several sites. Finally, compared to nose sampling only, our works showed the adding value of the intestinal screening that would detect up to 17% more S. aureus carriers.