Pneumonies chez l’enfant de moins de 5 ans dans les pays à revenu faible ou intermédiaire : description des sérotypes pneumococciques, prévalence du virus influenza et rôle des co-détections bactériennes et/ou virales
Auteur / Autrice : | Cédric Dananché |
Direction : | Philippe Vanhems, Hubert Endtz |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Épidémiologie |
Date : | Soutenance le 20/11/2019 |
Etablissement(s) : | Lyon |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation |
Partenaire(s) de recherche : | établissement opérateur d'inscription : Université Claude Bernard (Lyon ; 1971-....) |
Laboratoire : Centre International de Recherche en Infectiologie (Lyon ; 2013-....) | |
Jury : | Président / Présidente : Emmanuel Grimprel |
Examinateurs / Examinatrices : Philippe Vanhems, Hubert Endtz, Florence Ader | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Fanny Lanternier, Bruno Pozzetto |
Mots clés
Résumé
Les pneumonies chez l’enfant de moins de 5 ans restent à l’heure actuelle un enjeu majeur de santé publique. Afin d’étudier les agents étiologiques des pneumonies chez les enfants de moins de 5 ans dans les pays à revenu faible ou intermédiaire, une étude cas-témoins a été réalisée entre 2010 et 2014 dans cette population par le réseau Global Approach for Biological Research on Infectious Epidemics in Low Income Countries (GABRIEL). Notre travail s’est attaché à décrire la distribution des sérotypes de Streptococcus pneumoniae retrouvés dans la population de l’étude, d’évaluer la prévalence du virus infuenza et d’évaluer l’effet du virus sur la gravité de la pneumonie, et enfin d’étudier la fréquence des co-détections bactériennes et virales au niveau nasopharyngé ainsi que leur effet sur le risque de pneumonie. Les résultats montraient que la majorité des sérotypes pneumococciques retrouvés étaient inclus dans le vaccin pneumococcique conjugué 13-valent (PCV13) et suggèraient que les souches de S. pneumoniae retrouvées au niveau nasopharyngé et au niveau sanguin étaient identiques chez un même individu atteint de pneumonie. L’importance du virus influenza, et particulièrement d’influenza A H1N1 a été soulignée. Enfin, de nombreuses co-détections nasopharyngées de microorganismes étaient observées chez les cas mais aussi chez les témoins. Leur pathogénicité semblait différer selon les espèces et pourrait dépendre des interactions avec le microbiome du tractus respiratoire. Les résultats suggèraient que la mise en œuvre de campagnes de vaccination par PCV13 pourrait être efficace dans les pays étudiés. Néanmoins, de nouvelles études précisant le rôle des co-détections entre bactéries et virus dans la physiopathologie de la pneumonie sont nécessaires pour guider les décisions de santé publique de façon optimale