Etudes du génome de diverses amibes et de leurs interactions avec des virus géants et d’autres microorganismes

par Nisrine Chelkha

Thèse de doctorat en Génomique et Bioinformatique

Sous la direction de Anthony Levasseur et de Philippe Colson.

Soutenue le 22-11-2019

à Aix-Marseille , dans le cadre de Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille) , en partenariat avec Mephi (Marseille) (laboratoire) et de Méditerranée Infection (laboratoire) .

Le président du jury était Stéphane Ranque.

Le jury était composé de Philippe Colson, Stéphane Ranque, Sylvie Pillet, Bruno Pozzetto.

Les rapporteurs étaient Sylvie Pillet, Bruno Pozzetto.


  • Résumé

    Acanthamoeba est un protiste phagocytaire ubiquitaire du sol et de l'eau. Les virus géants, incluant notamment les mimivirus, les marseillevirus ou les pandoravirus, sont d'autres micro-organismes résistants à Acanthamoeba. Ils vivent en sympatrie avec d'autres micro-organismes au sein de l'amibe, et de nombreux transferts latéraux de séquences ont été décrits avec Acanthamoeba castellanii. De plus, certaines espèces d'Acanthamoeba semblent présenter des susceptibilités différentes vis-à-vis des virus géants.L’objectif de ce travail a été d’explorer pour la première fois le répertoire génique de 14 espèces d’Acanthamoeba, ainsi que celui des deux espèces Vermamoeba vermiformis CDC-19 et Willaertia magna c2c maky, et d’étudier leurs relations génétiques avec les virus géants.Ce travail a permis de fournir des données génétiques importantes et originales pour plusieurs espèces d’amibes présentant des susceptibilités différentes à l’infection virale.Un autre travail a consisté à discuter des stratégies de défense observées ou possibles des virus géants et de leurs hôtes. La recherche d’homologues de séquences de virus géants montre la présence de plusieurs séquences potentiellement impliquées dans des mécanismes de défense. Par ailleurs, aucune trace significative d'intégration de génomes ou de séquences de virophages connus n'a été identifiée dans tous les génomes disponibles des espèces d'Acanthamoeba. Finalement, nous avons mis au point différents systèmes d'amorces permettant une identification des espèces d’Acanthamoeba. Ces travaux ouvrent plusieurs pistes potentielles pour des travaux futurs portant sur les interactions entre les amibes et les virus géants.

  • Titre traduit

    Genomic study of the interactions between Acanthamoeba and giant viruses


  • Résumé

    Acanthamoeba spp. are ubiquitous phagocytic protists in soil and water. Giant viruses, including mimiviruses, marseillevirus or pandoraviruses, are among Acanthamoeba-resistant microorganisms. They have a sympatric lifestyle with other microorganisms within amoebae, and many lateral sequence transfers have been described that involved Acanthamoeba castellanii. In addition, some Acanthamoeba species appear to have different levels of susceptibility to giant viruses.The objective of this work was to explore for the first time the gene repertoire of the genomes of 14 different species of Acanthamoeba, as well as that of the two species Vermamoeba vermiformis CDC-19 and Willaertia magna c2c maky, and to study the genetic relationship of these amoebae with giant viruses.This work provided important genetic information for several species of amoebae with different susceptibility to giant viral infection. An additional work aimed to discuss the defense strategies observed or predicted for giant viruses and their hosts. The search for sequence homologies in other giant viruses genomes revealed the presence of several sequences suspected to be involved in defense mechanisms. However, no significant evidence of integration of known genomes or virophages sequences has been identified in all available genomes of Acanthamoeba species.Finally, we have designed three PCR primer systems targeting a conserved gene that encodes an alanine-tRNA ligase, for an effective and specific identification of Acanthamoeba. This work opens up several potential leads for future work on the interactions between amoebae and giant viruses.



Le texte intégral de cette thèse sera accessible librement à partir du 22-11-2021

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe

Où se trouve cette thèse\u00a0?

  • Bibliothèque : Université d'Aix-Marseille. Service commun de la documentation. Bibliothèque électronique.
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.