Thèse soutenue

Exploration de mécanismes de transcription et de traduction non-canoniques

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Auteur / Autrice : Ganesh Daulatrao Warthi
Direction : Pierre-Edouard FournierHervé Seligmann
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génomique et Bioinformatique
Date : Soutenance le 21/11/2019
Etablissement(s) : Aix-Marseille
Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la vie et de la santé (Marseille)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Méditerranée Infection - Vitrome (Marseille)
Jury : Président / Présidente : Florence Fenollar
Examinateurs / Examinatrices : Florence Fenollar, Olivier Croce, Jacques Demongeot
Rapporteurs / Rapporteuses : Olivier Croce, Jacques Demongeot

Résumé

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Le séquencage d'ARN et la spectrométrie de masse génèrent des RNA reads et des spectres peptidiques non-homologues à l'ADN. Les ignorer cause la perte d'informations génétiques. Nous explorons deux transcription noncanoniques, identifiant et expliquant RNAs et peptides mitochondriaux humains (non prédits par le genome nucléaire). 1) Échanges nucléotidiques systématiques: les échanges systématiques de nucleotides dans l'ARN (swinger RNA, 23 échanges, 9 symmétriques (X↔Y) et 14 asymmétriques (X→Y→Z→X). Les résultats sur les swinger ARNs sont reproductibles entre transcriptomes de souches mitochondriales pures et de la cellule entire, pour deux méthodes différentes de séquencage. Nous identifions des ARNs précédemment inconnus dans les non-Hodgkin lymphomes associés à HIV et des cellules cancéreuses. 2) Délétions nucléotidiques systématiques: des nombres spécifiques de nucléotides sont systématiquement délétés après chaque trinucléotide transcript, produisant des ARNs délétés (delRNAs). Au total 227 delRNAs (1-12 nucléotides délétés) sont confirmés dans trois bases de donnees, les transcriptomes de cellules humaines entières et de mitochondries pures, et la base de EST de GenBank. Les résultats indiquent que des peptides mitochondriaux sont produits à partir de traduction normale de delRNAs et de traduction de mRNAs normaux par des anticodons rallongés. Nous détectons aussi des peptides chimériques, codés par des codons normaux avec des parties contigües codées par des codons rallongés. Cette thèse détecte des transcriptions et traductions noncanoniques dans la mitochondrie humaine, et la transcription swinger de chromosomes humains nucléaires.