Description du microbiote urinaire par méthodes de culturomics et de métagénomique
par Aurélie Morand
Thèse de doctorat en Maladies infectieuses
Sous la direction de Didier Raoult.
Soutenue le 21-11-2019
à Aix-Marseille , dans le cadre de Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille) , en partenariat avec Assistance publique-Hôpitaux de Marseille (Hôpital) , Mephi (Marseille) (laboratoire) , Institut de recherche pour le développement (France ; 1998-....) (laboratoire) et de Méditerranée Infection (laboratoire) .
Le président du jury était Brigitte Chabrol.
Le jury était composé de Brigitte Chabrol, Bourèma Kouriba, Elisabeth Botelho-Nevers.
Les rapporteurs étaient Bourèma Kouriba, Elisabeth Botelho-Nevers.
- Urine
- Microbiote
- Métagénomique
- Culturomics
- Taxonogénomique
- Microflore
- Urine
- Microbiote
- Métagénomique
mots clés
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Résumé
L’urine a longtemps été considérée stérile.Ce travail visait à établir le répertoire des bactéries connues dans les voies urinaires humaines par une revue de la littérature et à implémenter ce répertoire en analysant des échantillons d’urine par culturomics et métagénomique. 562 espèces bactériennes ont été décrites dans des échantillons d’urine humains dans la littérature. 62,6% ont été associées à un cas d'infection humaine. Parmi les 441 échantillons d’urine analysés par culturomics, 459 espèces bactériennes différentes ont été isolées, dont 264 jamais décrites dans l'urine, 18 nouvelles espèces. Parmi les 684 espèces bactériennes isolées au moins une fois en culture à partir d’échantillons d'urine, 424 (62%) avaient déjà été isolées du microbiote intestinal. Parmi les espèces retrouvées uniquement en métagénomique figurent des bactéries extrêmophiles. Il existe un microbiote des voies urinaires humaines qui peut être décrit par culturomics et métagénomique.
- Urine
- Microbiota
- Metagenomics
- Culturomics
- Taxonogenomics
mots clés
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Titre traduit
Exploration of the urinary tract bacterial microbiota by culturomics and metagenomic methods
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Résumé
Urine was usually considered sterile. This work aimed to establish the repertoire of known bacteria in the human urinary tract through a review of the literature and to implement this repertoire by analyzing urine samples by culturomics and metagenomics.In literature, 562 bacterial species have been described in human urine samples, in which 62.6% were associated with one case of human infection.Of the 441 urine samples analyzed by culturomics, 459 different bacterial species were isolated, of which 264 never described in the urine, 18 new species.Of the 684 bacterial species isolated at least once in culture from urine samples, 424 (62%) had already been isolated from the gut microbiota.Extremophilic bacteria and archaea are identified among the species found only with metagenomics method.There is a microbiota of the human urinary tract that can be described by culturomics and metagenomics.
Il est disponible au sein de la bibliothèque de l'établissement de soutenance.
