Au-delà des études d'association à l'échelle du génome : étude transcriptomique et identification des variants régulateurs impliqués dans le développement du sepsis

Beyond genome-wide association studies : transcriptomic study and identification of regulatory variants involved in the development of sepsis

• Auteur / Autrice : Florian Rosier
• Direction : Pascal Rihet, Lydie Pradel
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bioinformatique et Génomique
• Date : Soutenance le 20/12/2019
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Théories et approches de la complexité génomique (TAGC) (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Catherine Nguyen
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Julien Textoris
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Emmanuelle Génin, François Sabot

Mots clés

Mots clés contrôlés

Étude d'association pangénomique

Transcriptome

Sepsis

Mots clés libres

Snp

Sepsis

Transcriptome

Gwas

Résumé

En 2017, l'Assemblée mondiale de la Santé et l'Organisation mondiale de la Santé ont fait du sepsis une priorité de santé mondiale en adoptant une résolution pour améliorer, prévenir, diagnostiquer et gérer le sepsis. Cette pathologie tue principalement des personnes déjà fragilisées. Il a été démontré que l'état du patient et la réponse immunitaire de l'hôte est primordiale dans le développement de la pathologie. Mon projet de thèse a tout d’abord consisté à caractériser la réponse transcriptionnelle de cellules du péritoine stimulées au LPS dans un modèle murin du sepsis. Par ailleurs, j’ai recherché les variants génétiques cis-régulateurs potentiellement impliqués dans la mortalité des patients en choc septique par une approche bioinformatique et une validation fonctionnelle expérimentale. Ces 2 projets mettent en évidence, chez l'homme, des mécanismes de la régulation de l’expression de gènes clés dans la survie des patients atteints de sepsis.

In 2017, the World Health Assembly and the World Health Organization made sepsis a global health priority by adopting a resolution to improve, prevent, diagnose and manage sepsis. This pathology mainly kills people who are already vulnerable. It has been shown that the patient's condition and the host's immune response are essential in the development of the disease. My thesis project first consisted in characterizing the transcriptional response of peritoneal cells stimulated at the LPS in a mouse model of sepsis. In addition, I researched cis-regulatory genetic variants potentially involved in the mortality of patients in septic shock through a bioinformatics approach and experimental functional validation. These 2 projects highlight, in humans, mechanisms for regulating the expression of key genes in the survival of patients with sepsis.