Diagnostic de laboratoire des infections opportunistes à Gemmata spp. (Planctomycetes)

par Dieudonne Odilon Kabore

Thèse de doctorat en Maladies infectieuses

Sous la direction de Michel Drancourt et de Sylvain Godreuil.

Soutenue le 04-07-2019

à Aix-Marseille , dans le cadre de Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille) , en partenariat avec Mephi (Marseille) (laboratoire) , Méditerranée Infection (laboratoire) et de Centre hospitalier universitaire (Montpellier) (Centre hospitalier) .

Le président du jury était Florence Fenollar.

Le jury était composé de Florence Fenollar, Jean-Philippe Lavigne, Max Maurin.

Les rapporteurs étaient Jean-Philippe Lavigne, Max Maurin.


  • Résumé

    Les bactéries du genre Gemmata sont suspectées d’être responsables d’infections opportunistes chez des patients aplasiques. Gemmata obscuriglobus et Gemmata massiliana sont les seules espèces cultivables de ce genre ; le reste étant réfractaire à la culture. Au cours de notre Thèse, 34 sangs aplasiques et 392 lavages broncho-alvéolaires ont été collectés afin de rechercher les Gemmata par qPCR et par culture. Une qPCR positive a été obtenue à partir du sang et la PCR standard réalisée en vue du séquençage était défectueux ; et aucun isolat n’a été obtenu en culture. En vue de concevoir de nouveaux outils d’isolement, les 2 souches ont été co-cultivées avec des phagocytes, qui se sont avérés bactéricides pour ces bactéries. Ensuite, nous avons comparé un milieu A, incorporant des tissus d’éponge de Spongia sp. au milieu standard ; et un milieu B incorporant le filtrat aqueux de Spongia dans le milieu A. Les milieux standard, A et B ont été inoculés et après 3 jours d'incubation, les colonies comptées à partir des milieux A et B excédaient de plus d’un log par rapport au standard. L’analyse des génomes des 2 espèces a montré qu’aucune d’elles ne codait pour les composants essentiels du métabolisme du fer. Nous avons donc forcé Escherichia coli à produire ces composants afin d’enrichir le milieu standard avec le filtrat, ce qui nous a permis d’observer une croissance plus rapide, p<0.001. Enfin, l’impact de la radiothérapie, qui aurait induit une dysbiose puis une translocation des Gemmata du microbiote digestif vers le sang des patients soumis à cette thérapie a été exploré après une irradiation in vitro des selles. Une forte perturbation de la flore fécale a été observée.


  • Résumé

    Bacteria of the genus Gemmata are Planctomycetes suspected to be responsible for opportunistic infections in two aplastic patients. Gemmata obscuriglobus and Gemmata massiliana are the only cultivable species of this genus; the rest being refractory to culture. During our Thesis work, 34 blood samples collected from aplastic patients and 392 bronchoalveolar washes were collected to search for Gemmata using qPCR and culture. In an aplastic patient, a positive PCR was obtained from the blood and the standard PCR performed for sequencing was defective; and no isolate was obtained in culture. In order to design new isolation tools, both strains were co-cultured with phagocytes, which were shown to be bactericidal for these bacteria. Then, we compared a medium A, incorporating sponge tissues of Spongia sp. in the middle standard; and medium B incorporating the aqueous Spongia filtrate into medium A. The three media (standard, A and B) were inoculated with both strains and after 3 days of incubation, colonies counted from media A and B increased to more than one log compared to standard medium. Also, genome analysis of the two species showed that none of them encoded for the essential components of iron metabolism. We therefore forced Escherichia coli to produce these components in order to enrich the standard medium with the filtrate, which allowed us to observe a faster growth, p <0.001. Finally, the impact of radiotherapy, which would have induced dysbiosis and then a translocation of Gemmata from the digestive microbiota to the blood of patients undergoing this therapy, was explored after in vitro stool irradiation. A strong disturbance of faecal flora was observed.



Le texte intégral de cette thèse sera accessible librement à partir du 04-07-2021

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