Détection des méthanogènes dans la flore oro-sinusale

par Elisabeth Sogodogo

Thèse de doctorat en Maladies infectieuses

Sous la direction de Michel Drancourt.

Soutenue le 04-07-2019

à Aix-Marseille , dans le cadre de Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille) , en partenariat avec Mephi (Marseille) (laboratoire) et de Méditerranée Infection (laboratoire) .

Le président du jury était Florence Fenollar.

Le jury était composé de Florence Fenollar, Bourèma Kouriba, Jean-Philippe Lavigne.

Les rapporteurs étaient Bourèma Kouriba, Jean-Philippe Lavigne.


  • Résumé

    Dans la première partie de notre Thèse, nous avons revu la littérature sur les méthanogènes retrouvés dans les différents microbiotes de l’Homme. Nous avons également fait un point sur les diverses méthodes utilisées pour la détection de ces microorganismes au laboratoire de microbiologie clinique.Dans une seconde partie de notre travail de Thèse, nous avons testé la production d’hydrogène par les bactéries anaérobies facultatives d’intérêt clinique, plus particulièrement les bactéries précédemment retrouvées associées avec les méthanogènes dans les échantillons cliniques. Nous avons observé que toutes les bactéries anaérobies facultatives n’ont pas la capacité de produire de l’hydrogène gazeux et nous avons rapporté trois bactéries qui n’étaient pas connues en littérature pour la production d’hydrogène. Dans la troisième partie de notre Thèse, nous avons exploré la flore sinusale à la recherche de méthanogènes. Nous avons pu mettre en évidence par des méthodes de biologie moléculaire, d’hybridation fluorescente in situ et de culture microbienne, des méthanogènes chez neuf patients différents présentant des infections sinusales. Nous nous sommes intéressées à rechercher les méthanogènes dans la cavité orale chez un autre type de population plus précisément dans un centre d’odonto-stomatologie au Mali. Au total, nous avons obtenu huit échantillons positifs pour les méthanogènes. Dans la dernière partie de notre Thèse, nous avons étudié le répertoire des archaea et bactéries associées à quinze espèces de plantes différentes utilisées comme brosses à dents naturelles à Bamako, au Mali.

  • Titre traduit

    Detection of methanogens in the oro-sinus flora


  • Résumé

    In the first part of our thesis, we reviewed the literature on the methanogens found in the different microbiota of humans. We also reviewed the various methods used for the detection of these microorganisms in the clinical microbiology laboratory. In a second part of our Thesis work, we tested the hydrogen production by facultative anaerobic bacteria of clinical interest. , especially bacteria previously found associated with methanogens in clinical samples. We have observed that not all facultative anaerobic bacteria have the capacity to produce hydrogen gas and we have reported three bacteria that were not known in the literature for the production of hydrogen. In the third part of our Thesis, we explored the sinus flora in search of methanogens. Molecular biology, fluorescent in situ hybridization and microbial culture demonstrated methanogens in nine different patients with sinus infections. We were interested in looking for methanogens in the oral cavity in another type of population more specifically in a center of odonto-stomatology in Mali. In total, we obtained eight positive samples for methanogens. In the last part of our Thesis, we studied the archaea and bacteria repertoire associated with fifteen different plant species used as natural toothbrushes in Bamako, Mali


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