Rôle complexe de l’uridylation dans le métabolisme des ARNm chez Arabidopsis thaliana

par Hélène Scheer

Thèse de doctorat en Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie

Sous la direction de Dominique Gagliardi.

Le président du jury était Sébastien Pfeffer.

Le jury était composé de Dominique Gagliardi, Sébastien Pfeffer, Dominique Weil, Jean-Marc Deragon.

Les rapporteurs étaient Dominique Weil, Jean-Marc Deragon.


  • Résumé

    La dégradation des ARNm participe à la régulation de l’expression des gènes, régulation essentielle au développement et à la survie des organismes. L’uridylation des ARNm favorise leur dégradation et est un processus conservé chez la plupart des eucaryotes. Mes travaux de thèse ont porté sur la caractérisation de URT1, une TUTase responsable de l’uridylation des ARNm chez Arabidopsis. J’ai notamment établi une chaine d’interactions entre URT1 et des facteurs impliqués dans l’inhibition de la traduction. Ces interactions sont probablement conservées dans l’ensemble des plantes terrestres. De plus, je montre grâce à une méthode d’analyse par séquençage à haut-débit des extrémités 3’ d’ARNm candidats que le niveau d’expression de URT1 ou de différentes versions mutées ou tronquées peut contrôler les profils de distributions de taille des queues poly(A) uridylées et non-uridylées. De manière très intéressante, la modification de ces profils de distributions est associée à la répression de l’expression d’un gène rapporteur, sans modification de l’accumulation des ARNm correspondants. Mes résultats contribuent à une meilleure compréhension des rôles moléculaires de l’uridylation des ARNm chez Arabidopsis et ouvrent des perspectives nouvelles quant à la diversité des rôles de l’uridylation dans le métabolisme des ARNm.

  • Titre traduit

    The complex role of uridylation in the metabolism of mRNA in Arabidopsis thaliana


  • Résumé

    RNA degradation is an essential step of gene regulation and is critical for development and survival of organisms. Uridylation of mRNAs triggers their degradation and is conserved in most eukaryotes. My PhD thesis is focused on the characterization of URT1, a TUTase responsible for the uridylation of mRNAs in Arabidopsis. I have identified a chain of interactions linking URT1 to factors involved in translation inhibition. Those interactions are likely conserved in all land plants. In addition, I show by 3’ RACE-seq, a method using high throughput sequencing to characterize the 3’ extremities of candidate mRNAs, that URT1 expression levels can control the distribution profiles of uridylated and non-uridylated poly(A) tails. Interestingly, the modification of these distribution profiles is associated to the repression of the expression of a reporter gene, without affecting mRNA steady-state levels. My results contribute to a better understanding of the molecular roles of mRNA uridylation in Arabidopsis and open new perspectives related to the diversity of the roles of uridylation in the metabolism of mRNAs.


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