Dynamique métapopulationelle des épidémies de dengue en Polynésie française

Metapopulation dynamics of dengue epidemics in French Polynesia

• Auteur / Autrice : Yoann Teissier
• Direction : Richard Paul, Van-Mai Cao-Lormeau
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Interdisciplinaire
• Date : Soutenance le 22/05/2017
• Etablissement(s) : Sorbonne Paris Cité
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Frontières de l'innovation en recherche et éducation (Paris ; 2006-....)
• Partenaire(s) de recherche : établissement de préparation : Université Paris Descartes (1970-2019)
• Jury : Président / Présidente : Bernard Cazelles
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Richard Paul, Van-Mai Cao-Lormeau, Bernard Cazelles, Joacim Rocklöv, Tim Coulson, Xavier Deparis
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Joacim Rocklöv, Tim Coulson

Mots clés

Mots clés contrôlés

Dengue

Dengue

Mots clés libres

Dengue

Épidémies

Métapopulation

Polynésie française

Modélisation

SEIR

Transmission endémique

Persistance

Infection

Migration

Population

Circulation insulaire

Population critique

Connections insulaires

Modèle

Équation différentielle ordinaire (ODE)

Logiciel R

Études statistiques

Identification des facteurs de risques

Étude des paramètres influençant la métapopulation

Densité de la population

Vecteur

Aedes aegypti

Géographie insulaire

Milieu tropical

Distance de vol du vecteur

Immunité de la population

Densité vectorielle

Taux de récupération de l’hôte

Mortalité du vecteur

Taux de transmission d’exposé à infecté

Cycle de transmission des virus

Arbovirus

Dynamique de la dengue

Simulations

Dynamique épidémique

Dengue

Epidemics

Metapopulation

French Polynesia

Modeling

SEIR

Endemic transmission

Persistence

Infection

Migration

Population

Insular circulation

Critical population

Insular connections

Model

Ordinary differential equation (ODE)

R software

Statistical study

Risk factor identification

Parameters study related to metapopulation

Population density

Vector

Aedes aegypti

Insular geography

Tropical environment

Vector flight distance

Population immunity

Vector density

Host recovery rate

Vector mortality

Transmission rate from exposed to infected

Virus transmission cycle

Arbovirus

Dengue dynamic

Simulations

Epidemic dynamics

Résumé

La dengue circule en Polynésie française sur un mode épidémique depuis plus de 35 ans. Néanmoins, en dépit de la taille relativement faible de la population de Polynésie française, la circulation de la dengue peut persister à de faibles niveaux pendant de nombreuses années. L’objectif de ce travail de thèse est de déterminer si l'épidémiologie de la dengue dans le système insulaire de la Polynésie française répond aux critères d’un contexte de métapopulation. Après avoir constitué une base de données regroupant les cas de dengue répertoriés sur les 35 dernières années, nous avons réalisé des analyses épidémiologiques descriptives et statistiques. Celles-ci ont révélé des disparités spatio-temporelles distinctes pour l’incidence de la dengue des archipels et des îles, mais la structure de l'épidémie globale à l’échelle de la Polynésie française pour un même sérotype ne semble pas être affectée. Les analyses de la métapopulation ont révélé l'incidence asynchrone de la dengue dans un grand nombre d’îles. Celle-ci s’observe plus particulièrement par la différence de dynamique de l’incidence entre les îles plus peuplées et celles ayant une population plus faible. La taille critique de la communauté nécessaire à la persistance de la dengue n’est même pas atteinte par la plus grande île de Polynésie Française, Tahiti. Ce résultat suggère que la dengue peut uniquement persister grâce à sa propagation d’île en île. L'incorporation de la connectivité des îles à travers des modèles de migration humaine dans un modèle mathématique a produit une dynamique de la dengue davantage en adéquation avec les données observées, que les tentatives de modélisation traitant la population dans son ensemble. Le modèle de la métapopulation a été capable de simuler la même dynamique que les cas de dengue observés pour l'épidémie et la transmission endémique qui a suivi pour la période de 2001 à 2008. Des analyses complémentaires sur la différenciation de l'incidence de la maladie et de l'infection seront probablement instructives pour affiner le modèle de métapopulation de l'épidémiologie de la dengue en Polynésie française.

Dengue has been epidemic in French Polynesia for the past 35 years. Despite the relatively small population size in French Polynesia, dengue does not disappear and can persist at low levels for many years. In light of the large number of islands comprising French Polynesia, this thesis addresses the extent to which a metapopulation context may be the most appropriate to describe the epidemiology and persistence of dengue in this case. After compiling a database of dengue cases over the last 35 years, we used a number of descriptive and statistical epidemiological analyses that revealed distinct spatio-temporal disparity in dengue incidence for archipelago and islands. But the global structure of the epidemics of the same serotype were not affected. Metapopulation analyses revealed asynchronous dengue incidence among many of the islands and most notably larger islands lagged behind the smaller islands. The critical community size, which determines dengue persistence, was found to exceed even the largest island of Tahiti, suggesting that dengue can only exist by island-hopping. Incorporation of island connectedness through patterns of human migration into a mathematical model enabled a much better fit to the observed data than treating the population as a whole. The metapopulation model was able to capture to some extent the epidemic and low level transmission dynamics observed for the period of 2001-2008. Further analyses on differentiating incidence of disease and infection will likely prove informative for the metapopulation model of dengue epidemiology in French Polynesia.