Effets de l'agriculture de conservation sur les nématodes parasitiques des racines du riz et étude de la diversité de Meloidogyne graminicola en Asie du Sud-Est

Effects of the conservation agriculture on root-parasitic nematodes of rice and study of the diversity of Meloidogyne graminicola in Southeast Asia

• Auteur / Autrice : Malyna Suong
• Direction : Christophe Brugidou
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Mécanismes des interactions parasitaires pathogènes et symbiotiques
• Date : Soutenance le 30/11/2017
• Etablissement(s) : Montpellier
• Ecole(s) doctorale(s) : GAIA (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Interactions plantes microorganismes environnement (Montpellier ; 2011-2020)
• Jury : Président / Présidente : Michel Lebrun
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Christophe Brugidou, Michel Lebrun, Cuong Ha Viet, Teodora Ma Cabasan, Fidero Kuok, Stéphane Bellafiore, Patrick Boiron, Pierre Czernic
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Cuong Ha Viet, Teodora Ma Cabasan

Mots clés

Mots clés contrôlés

Plantes -- Variabilité

Asie du Sud-Est

Riz

Conservation des ressources agricoles

Mots clés libres

Agriculture de conservation

Asie du Sud-Est

Evolution

Meloidogyne graminicola

Oryza sativa

Variabilité intraspécifique

Conservation agriculture

Southeast Asia

Evolution

Meloidogyne graminicola

Oryza sativa

Intraspecific genetic variability

Résumé

Meloidogyne graminicola est un nématode à galle du genre Meloidogyne spp. (RKN) qui est prépondérant dans les rizières d’Asie du Sud-Est et qui provoque des pertes significatives chez le riz. Malgré son impact négatif sur le rendement, les moyens de control et les méthodes d’identification de cette espèce sont encore limités. Dans cette étude, nous avons évalué l'incidence et la prévalence des RKN dans les rizières du Cambodge, du Laos et du Vietnam grâce à des marqueurs moléculaires développés dans cette étude. Nous avons de plus évalué, sur une séquence de deux ans, les effets de l'Agriculture de conservation (CA) sur la présence et la dynamique des nématodes parasites des racines (RPN) du riz, en relations avec le rendement et la qualité du sol, dans un champ d’expérimentation sableux de bas fond au Cambodge. Nous avons parallèlement évalué la susceptibilité à M. graminicola de 13 plantes adventices couramment utilisées en CA, ainsi que celle de trois variétés de riz, et identifié des plantes réservoir poussant dans les rizières Cambodgiennes. Dans une autre partie, nous avons validé des marqueurs intraspécifiques pour M. graminicola et étudié sa diversité génétique en Asie du Sud-Est. Par des approches de génomique comparative nous avons discuté des relations évolutives qu’il y aurait pu potentiellement y avoir entre M. graminicola et les espèces génétiquement proches.

The rice Root-knot nematode (RKN), Meloidogyne graminicola, reduces significantly rice yield in Southeast (SE) Asia and is prevalent in rice fields in this region. Despite its negative impact on yields, suitable methods of controls and current molecular markers used for M. graminicola identification are still limited. In this study, we evaluated the current occurrence of RKN in rice fields of Cambodia, Laos and Vietnam, and identified those RKN species using molecular markers developed in this study. We then evaluated, during two years sequences, the effects of the Conservation agriculture (CA) on the occurrence and dynamics of root-parasitic nematodes (RPN) of rice, in relation with yields and soil nutrients, in a lowland-sandy field in Cambodia. Host response to M. graminicola of 13 selected cover crops commonly used in CA, of three rice cultivars as well as rice weeds as reservoirs for M. graminicola, were evaluated. Furthermore, we validated intraspecific markers for M. graminicola, studied its genetic diversity in SE Asia, and discussed the potential evolutionary relations of Meloidogyne species using comparative genomics approaches.