Recherche d’agents infectieux circulant dans une communauté d’hôtes, intérêt pour la conservation des PNHs et risque d’émergence de maladies zoonotiquesau Centre De Primatologie du CIRMF et dans les sanctuaires de PNHs (au Gabon)rimatologie du CIRMF (Gabon)

par Barthélémy Ngoubangoye

Thèse de doctorat en Micro-organismes, interactions, infections

Sous la direction de Dominique Pontier et de François Renaud.

Soutenue le 13-07-2017

à Lyon , dans le cadre de École Doctorale Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation , en partenariat avec Université Claude Bernard (Lyon) (établissement opérateur d'inscription) et de Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (laboratoire) .

Le président du jury était Gérard Lina.

Le jury était composé de Marion Vittecoq.

Les rapporteurs étaient Nathalie Charbonnel.


  • Résumé

    La survie des Primates Non Humains (PNHs) est menacée par les activités humaines et les maladies infectieuses. Pour contribuer à leur conservation au Gabon, plusieurs structures dont les sanctuaires et centres de primatologie ont été mises en place. Cependant, si la gestion des risques sanitaires n’est pas prise en compte et les conditions d’accompagnement réglementées, ces structures qui visent la sauvegarde des PNHs pourraient constituer de véritables carrefours d’échanges de parasites entre espèces de PNH, Homme et/ou microfaune. Ainsi, pour mieux comprendre la nature et l’ampleur du problème, notre travail de thèse avait pour but d’évaluer les risques sanitaires et zoonotiques chez des groupes d’hôtes de deux (2) sanctuaires et d’un (1) centre de primatologie au Sud-est du Gabon. En combinant les études épidémiologiques sur le terrain à la fois chez l’Homme et l’animal, le séquençage, les analyses phylogénétiques ainsi que la modélisation statistique, nos travaux se sont attelés à comprendre (i) la circulation d’agents infectieux entre espèces et (ii) les stratégies parasitaires dans ces nouveaux contextes de communautés créés par les activités humaines. Nous nous sommes intéressés à trois (3) modèles parasitaires, à savoir ; un (1) procaryote (Staphylococcus aureus) et deux (2) eucaryotes dont un agent pathogène à transmission vectorielle (Plasmodium spp) et un groupe viral à transmission directe ou indirecte (paramyxovirus). Nos résultats révèlent une grande diversité plasmodiale circulant chez les PNHs (9 espèces) et montrent que la spécificité d’hôtes observée jusqu’à présent en milieu naturel est rompue. Si aucun plasmodium simien n’a été trouvé chez l’Homme, le spectre d’hôtes de P. falciparum s’agrandit avec sa mise en évidence pour la première fois chez le Mandrill (Mandrillus sphinx). Nos résultats révèlent également une large diversité génétique de Stahylococcus aureus composée de souches généralistes et spécialistes, la circulation de souches SARM (S. aureus résistant à la méticilline) principalement via les souches généralistes, entre groupes d’hôtes traités et non traités aux antibiotiques et décrivent quinze (15) nouvelles souches. Pour les paramyxovirus, aucune infection n’a été identifiée mais la question du patron de circulation épidémique ou endémique est posée. En conclusion, cette étude montre que dans ces structures (i) les conditions écologiques de franchissement inter-espèces des parasites sont réunies et (ii) que ces dernières permettent le développement d’infections encore jamais observées en milieu naturel. Ces conditions de promiscuité entre espèces favorisent la sélection d’espèces parasitaires à large spectre d’hôtes (i.e., généralistes) mais aussi l’occurrence de souches bactériennes résistantes à la méticilline qui se propagent via la communautarisation des parasites, notamment dans la microfaune interagissant avec les PNHs traités aux antibiotiques ou à partir de l’Homme

  • Titre traduit

    Research of infectious agents circulating in a host community, interestfor the conservation of HNPs and risk of emergence of zoonotic diseasesin the CIRMF's Primatology Center and in the sanctuaries of PNH (in Gabon)


  • Résumé

    The survival of Non-human Primates (NHPs) is threatened by human activities and infectious diseases. To participate in their conservation in Gabon, several facilities among which sanctuaries and the Centre De Primatologie (CDP) of the Centre International de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF) have been created. However, if the management of health risks is not taken into account and the supportive conditions are not regulated, these facilities which aim to preserve NHPs could become real crossroads for the transmission of parasites between NHP species, humans and/or microfauna. Therefore, to better understand the nature and the extent of the problem, our thesis work aimed to evaluate the health and zoonotic risks in groups of hosts from two (2) sanctuaries and one (1) primatology center in the south-east of Gabon. By combining epidemiological studies on the field both in humans and animals, sequencing and phylogenetic analyses as well as statistical modelling, our work aimed to understand (i) the circulation of infectious agents between species and (ii) the parasitic strategies in the new context of these communities created by human activities. We focused on three (3) parasitic models, namely: one (1) prokaryote (Staphylococcus aureus) and two (2) eukaryotes among which one pathogenic agent with vectorial transmission (Plasmodium spp) and a viral group with direct or indirect transmission (paramyxovirus). Our results highlight a great plasmodial diversity circulating in NHPs (9 species) and show that the specificity of hosts observed up until now in their natural habitat is broken. No simian plasmodium was found in humans, however the specter of hosts of P. falciparum grows with the new addition of mandrills (Mandrillus sphinx). Our results also reveal a large genetic diversity of Staphylococcus aureus composed of general and specialized strains, the circulation of SARM strains (S. aureus resistant to methicillin) mainly via the general strains, between groups of treated and non-treated hosts to antibiotics. Fifteen (15) new strains are described. Regarding paramyxoviruses, no infection was identified but we raise the question of epidemic or endemic circulation models. To conclude, this study shows that in these facilities (i) the ecological conditions required for inter-species crossing of parasites are gathered and (ii) these conditions allow the development of infections previously never observed in the natural environment. These conditions of promiscuity between species favor the selection of parasitic species with a large specter of hosts (i.e., generalists) but also the occurrence of bacterial strains resistant to methicillin which spread via the communitarisation of parasites, especially in microfauna interacting with NHPs treated with antibiotics or humans


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