Étude de la tolérance à l’acidité et aux polyphénols chez Oenococcus oeni, de la caractérisation des effets à l’identification des mécanismes de réponse aux stress

Study of acidity and polyphenolic tolerance of Oenococcus oeni, from characterization of effects to identification of stress response mechanisms

• Auteur / Autrice : Marion Breniaux
• Direction : Patrick Lucas
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Oenologie
• Date : Soutenance le 17/11/2017
• Etablissement(s) : Bordeaux
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut des sciences de la vigne et du vin (Villenave-d'Ornon, Gironde)
• Jury : Président / Présidente : Pierre-Louis Teissèdre
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Cristina Reguant miranda, Sibylle Krieger
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Albert Bordons, Cédric Saucier

Mots clés

Mots clés contrôlés

Fermentation malolactique

Polyphénols

Vin -- Composition chimique

Mots clés libres

Oenococcus oeni

Polyphénols

Vin

Stress acide

Protéomique

Oenococcus oeni

Polyphenols

Wine

Acid stress

Proteomics

Résumé

Oenococcus oeni est la principale de bactérie lactique du vin. L’espèce comprend de nombreuses souches plus ou moins bien adaptées au vin et qui forment différents groupes génétiques. Récemment, deux groupes de souches ont été identifiés dans les vins rouges (VR) et vins blancs (VB) de Bourgogne. Il est probable que les bactéries se sont adaptées à l’un ou l’autre de ces vins en raison de leurs différences physico-chimiques et de composition. Néanmoins, d’autres souches peuvent s’y développer. Ce sont par exemple des levains commerciaux, qui ont une bonne tolérance aux stress du vin. L’objectif de cette étude était d’analyser l’adaptation des souches d’O. oeni au vin et en particulier aux polyphénols. Dans un premier chapitre, des souches des groupes VR et VB ont été étudiées. Leurs phénotypes ont été comparés dans des moûts et des vins à différents pH et en présence de polyphénols. Les résultats ont permis de mieux comprendre leur adaptation au vin blanc ou rouge. Dans les deuxième et troisième chapitres, la tolérance à l’acidité et aux polyphénols de souches commerciales a été étudiée. Leur résistance au vin et leurs capacités fermentaires ont été analysées, les cellules ont été observées en microscopie électronique et les mécanismes de résistance à l’acidité et aux polyphénols ont été recherché par protéomique quantitative. Un protocole de purification des protéines spécifique pour les essais en présence de polyphénols a été mis au point. Les résultats montrent des voies métaboliques et enzymes qui contribuent à l’adaptation des souches au vin. Ils permettent aussi l’exploration de nouvelles pistes pour la sélection des souches industrielles.

Oenococcus oeni is the main lactic acid bacteria species in wine. The species comprises many strains, which are more or less well adapted to wine and form different genetic groups. Recently, two groups of strains have been identified from Burgundy’s red (VR) and white (VB) wines. It is likely that the bacteria have adapted to one or the other of these wines because of their different physico-chemical properties and compositions. Nevertheless, other strains can also develop in these wines. They are for example commercial starters, which are well resistant to wine stressors. The objective of this study was to analyze the adaptation of O . oeni strains to wine and particularly to phenolic compounds. In the first chapter, strains of groups VR and VB were studied. Their phenotypes were compared in grape musts and in wines at different pHs and in the presence of phenolic compounds. The results provide insights on their adaptation to red or white wine. In the second and third chapters, the tolerance to acidity and phenolic compounds of commercial strains has been studied. Their survival in wine and their fermentative capacities were analyzed, the cells were observed by electron microscopy and the mechanisms of resistance to acidity and phenolic compounds were investigated by quantitative proteomics. A specific protein purification protocol has been developed for trials performed in the presence of polyphenols. The results show metabolic pathways and enzymes that contribute to the adaptation of strains to wine. They also open new tracks for the selection of industrial strains.