Génomique de Kingella kingae et Kingella negevensis : applications en microbiologie clinique et en biotechnologie pour l'édition du génome

Genomics of Kingella kingae and Kingella negevensis : applications in clinical microbiology and biotechnology for genome editing

• Auteur / Autrice : Nawal El Houmami
• Direction : Pierre-Edouard Fournier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 24/11/2017
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Florence Fenollar
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Florence Fenollar, Dimitri Ceroni, Stéphane Bonacorsi, Audrey Mirand
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Dimitri Ceroni, Stéphane Bonacorsi

Mots clés

Mots clés contrôlés

classification

Kingella

microbiologie

Partie orale du pharynx

Typage par séquençage multilocus

Techniques de génotypage

Flambées de maladies

génétique

Kingella kingae

Mots clés libres

Kingella kingae

Résumé

Kingella kingae est un pathogène important en pédiatrie responsable d'infections ostéo-articulaires, de bactériémies, et d'endocardite, principalement chez les enfants entre 6 et 36 mois, et survenant soit de façon sporadique ou épidémique dans les crèches. L'endocardite à K. kingae est une infection sévère qui, lorsqu'elle survient chez un enfant en crèche, devrait impérativement conduire à une investigation épidémiologique pour identifier d'éventuels cas suspects, prendre en charge rapidement les cas épidémiques, et prévenir la survenue de nouveaux cas.L'analyse génomique du genre Kingella a conduit à la description taxonomique de K. negevensis; au développement de nouveaux tests diagnostiques et de génotypage pour K. kingae et K. negevensis. Le développement du premier test par PCR en temps réel spécifique de K. negevensis a ainsi révélé que cette bactérie pouvait être occasionnellement pathogène chez l'enfant, voire mortelle chez le patient immunodéprimé. La découverte d'un locus RTX dans le génome de K. negevensis homologue à celui de K. kingae a ensuite permis de réajuster les stratégies diagnostiques des infections à K. kingae et K. negevensis....

Kingella kingae is an important paediatric pathogen responsible for bone and joint infections, bacteremia, and endocarditis. Invasive infections affect primary children aged 6-36 months, and may occur either sporadically, or break out in daycare centers. Kingella kingae endocarditis is a serious infection, which should prompt the search for an outbreak of K. kingae infections when it occurs in a day-care attendee and the prevention of new cases.The genomic analysis of the Kingella genus conducted to the taxonomic description of K. negevensis. The design of the first K. negevensis-specific real-time PCR test allowed to disclose that this organism may occasionally be invasive in infants, and even fatal in immunosuppressed patients. The discovery of an homologuous Kingella RTX locus within the K. negevensis genome allowed to refine diagnostic strategies in clinical microbiology for the molecular detection of K. kingae and K. negevensis....