Caractérisation d'une nouvelle espèce : Rouxiella chamberiensis : phylogénie, physiologie, étude des réservoirs et mise au point d'une technique de diagnostic rapide

Characterization of new species : Rouxiella chamberiensis : phylogeny, physiology, study of reservoirs and development of a rapid diagnostic method

• Auteur / Autrice : Anne Matéos
• Direction : Josette Raymond
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Aspects moleculaires et cellulaires de la biologie. Microbiologie procaryote et eucaryote
• Date : Soutenance le 23/09/2016
• Etablissement(s) : Sorbonne Paris Cité
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Bio Sorbonne Paris Cité (Paris ; 2014-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité de Recherche et d'Expertise Environnement et risques infectieux (Paris)
• Partenaire(s) de recherche : établissement de préparation : Université Paris Diderot - Paris 7 (1970-2019)
• Jury : Président / Présidente : Olivier Dussurget
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Josette Raymond, Olivier Dussurget, Lhousseine Touqui, René Courcol, Monika Ava Coton
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Lhousseine Touqui, René Courcol

Mots clés

Mots clés contrôlés

Typage par séquençage multilocus

classification

Enterobacteriaceae

Spectrométrie de masse MALDI

Bacteries -- Croissance

Phylogénie moléculaire

Bactéries pathogènes

Solutions parentérales

Mots clés libres

Rouxiella chamberiensis

Rouxiella badensis

Rouxiella sylvae

PNP

Rouxiella chamberiensis

Rouxiella badensis

Rouxiella sylvae

PNB

Résumé

La contamination de plusieurs poches de nutrition parentérale (PNP) par une bactérie inconnue, a déclenché une investigation, toujours en cours. Les objectifs essentiels étaient de caractériser cette bactérie sur le plan taxonomique pour permettre de la reconnaître dans d'autres contextes. Le séquençage du gène rrs, codant l'ARN 16S, a permis de positionner la bactérie inconnue parmi les Enterobacteriaceae, à proximité des genres Ewingella, Rahnella, Serratia, Yersinia et Hafnia. Le séquençage du génome total de la bactérie a permis d'utiliser cinq gènes pour une étude MLSA (multi-locus sequence analysis). L'arbre phylogénétique ainsi obtenu montre que la bactérie (six isolats ne représentant qu'une seule souche) représente un nouveau genre de la famille Enterobacteriaceae que nous avons appelé Rouxiella, l'espèce étant Rouxiella chamberiensis. Un des isolats a été désigné souche-type et déposé dans les collections dans deux pays différents (CIP, France et DSMZ, Allemagne). Les propriétés physiologiques et biochimiques de R. chamberiensis ont permis d'en faire une description. R. chamberiensis ne se développe pas à 37 °C, ce qui ne plaide pas pour une action pathogène active sur l'homme, ne produit pas de nitrate réductase (au contraire de la très grande majorité des Enterobacteriaceae, mais comme Erwinia), et ne fermente que peu de glucides. Le nom Rouxiella chamberiensis a été validé par publication dans l'International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Dès que ce nouveau genre et espèce a été publié, d'autres chercheurs ont isolé de l'environnement des souches qui étaient proches de Rouxiella. Une collaboration avec une équipe allemande a permis de décrire deux nouvelles espèces de Rouxiella, « R. badensis » et « R. sylvae »

The contamination of several parenteral nutrition bags (PNB) with unknown bacterium started an investigation, which is still ongoing. The essential objectives were: to characterize this bacterium taxonomically to allow to recognize it in others contexts. Sequencing the rrs gene (encoding 16S rRNA) allowed to position the unknown bacterium in the family Enteriobacteriaceae, close to genera Ewingella, Rahnella, Serratia, Yersinia and Hafnia. Whole genome sequencing was done. Five genes were used for a MLSA (multi-locus sequence analysis) study. The MLSA phylogenetic tree showed the bacterium (six isolates were only one strain) to represent a new genus of the family Enteriobacteriaceae, named Rouxiella, the species being Rouxiella chamberiensis. One isolate have been designated as the type strain and deposited in two collections in two different countries (CIP, France and DSMZ, Germany). The physical and biochemical properties of R. chamberiensis were used in a formal species description. R. chamberiensis failed to grow at 37 °C, this does not plead for a pathogenic action for human, negative results in tests for reduction of nitrate (which is rare in the Enterobacteriaceae, excepted Erwinia), and fermented a few carbohydrates. The name Rouxiella chamberiensis has been approved by publication in International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. When this new genus and species has been published, other researchers have isolated environmental strains close to Rouxiella chamberiensis. Collaboration with a German team allowed us to describe two new species of Rouxiella, ''R. badensis'' and ''R. sylvae''