Thèse soutenue

Détection de QTL et sélection génomique des qualités maternelles des vaches allaitantes
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Auteur / Autrice : Alexis Michenet
Direction : Florence Phocas
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génétique animale
Date : Soutenance le 14/10/2016
Etablissement(s) : Université Paris-Saclay (ComUE)
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Agriculture, alimentation, biologie, environnement, santé (Paris ; 2015-....)
Partenaire(s) de recherche : établissement opérateur d'inscription : AgroParisTech (France ; 2007-....)
Laboratoire : Génétique animale et biologie intégrative (Jouy-en-Josas,Yvelines ; 2009-....)
Jury : Président / Présidente : Etienne Verrier
Examinateurs / Examinatrices : Etienne Verrier, Frédéric Farnir, Pascale Le Roy, Denis Boichon
Rapporteurs / Rapporteuses : Frédéric Farnir, Pascale Le Roy

Résumé

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Les performances de reproduction, vêlage et allaitement des vaches forment les qualités maternelles qui sont d'une importance économique majeure en élevage allaitant. Les programmes de sélection des bovins allaitants utilisent l'outil de station de contrôle sur descendance pour mesurer ces phénotypes et identifier les meilleurs reproducteurs mâles afin de les diffuser par insémination animale. Avec la plus grande accessibilité à l'information génomique des animaux, il existe de nouvelles opportunités pour une sélection plus efficace des qualités maternelles. Près de 2 000 femelles phénotypées pour les qualités maternelles, ont été génotypées en basse densité (7 660 SNP) dans chacune des races Blonde d'Aquitaine et Limousine. Les génotypes ont été imputés en haute densité (plus de 700 000 SNP). Des détections de QTL ont été conduites intra-race en testant par approche bayésienne l'associatio de ces génotypes imputés avec les performances. Parmi les régions QTL identifiées un total de 41 gènes candidats a été proposé pour la précocité sexuelle (6), le vêlage (11), l'allaitement (21) et l'instinct maternel (3). Plusieurs méthodes de sélection génomiques ont été comparées pour les caractères des qualités maternelles en race Blonde d'Aquitaine. Des différences mineures de précision ont été constatées entre les méthodes en évaluation unicaractère. Le « Single Step Genomic BLUP » multi-caractère combinant les données collectées en station et en ferme fournit les valeurs génétiques les plus précises pour le choix des reproducteurs. Plusieurs pistes d'amélioration de la précision des index génomiques ont été proposées. Les modalités d’utilisation de ces index et d’évolution des outils et programmes de sélection des qualités maternelles sont également discutées