Thèse soutenue

Étiologies et facteurs de risque des pneumopathies chez les enfants de moins de 5 ans dans les pays en développement : une étude cas-témoins multicentrique

FR  |  
EN
Auteur / Autrice : Thomas Bénet
Direction : Philippe VanhemsGlaucia Paranhos-Baccala
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Epidémiologie
Date : Soutenance le 17/10/2016
Etablissement(s) : Lyon
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation (Lyon ; 1999-....)
Partenaire(s) de recherche : établissement opérateur d'inscription : Université Claude Bernard (Lyon ; 1971-....)
Laboratoire : Laboratoire des pathogènes émergents (Lyon)
Jury : Président / Présidente : Étienne Javouhey
Examinateurs / Examinatrices : Caroline Landelle
Rapporteurs / Rapporteuses : Vincent Gajdos, Bruno Pozzetto

Résumé

FR  |  
EN

Les pneumonies sont la première cause de mortalité par maladie infectieuse dans le monde chez les enfants. Les objectifs étaient d'identifier les causes microbiologiques des pneumonies communautaires chez les enfants de moins de 5 ans dans les pays émergents et en développement et les déterminants associés à leur sévérité en termes d'hypoxémie à l'admission et de mortalité. Une étude cas-témoins multicentrique hospitalière a été menée par le réseau GABRIEL dans 9 sites des pays suivants : Cambodge, Chine, Haïti, Inde (2 sites), Madagascar, Mali, Mongolie et Paraguay. Les cas étaient des enfants hospitalisés, âgés de 2 à 60 mois et atteints de pneumonie radiologiquement confirmée ; un témoin par cas du même centre, sans signe évocateur de pneumonie était recherché. Un appariement fréquentiste sur la période et la classe d'âge était effectué. Des prélèvements respiratoires ont été réalisés chez tous les sujets pour identifier 19 virus, 5 bactéries et les sérotypes de Streptococcus pneumoniae par biologie moléculaire. Pour les cas, des prélèvements supplémentaires de sang et de liquide pleural étaient effectués. Les étiologies des pneumonies ont été estimées par le calcul de la fraction attribuable populationnelle après régression logistique multivariée. Les facteurs associés à l'hypoxémie à l'admission - déterminés chez les patients atteints de pneumonie - ont été identifiés par régression logistique multivariée ; les facteurs associés à la mortalité hospitalière à 14 jours ont été quantifiés par modèle de Cox bivarié. Parmi les 888 cas et 870 témoins analysés, les agents causaux des pneumonies après analyse multivariée étaient par ordre décroissant de fréquence : S. pneumoniae, respiratory syncytial virus (RSV), rhinovirus, human metapneumovirus (hMPV), parainfluenza virus 1, 3 et 4, influenzavirus A et B et Mycoplasma pneumoniae. La fraction attribuable ajustée était de 42,2% (intervalle de confiance [IC] à 95% : 35,5-48,2%) pour S. pneumoniae, de 18,2% (IC à 95% : 17,4-19,0%) pour RSV et de 11,2% (IC à 95% : 7,5-14,7%) pour rhinovirus. Une importante hétérogénéité des étiologies entre pays a été identifiée. Parmi les 405 cas de pneumonie analysés pour l'étude de la gravité, 17,3% étaient hypoxémiques. La détection d'hMPV ou de RSV au niveau respiratoire était indépendamment associée à un risque accru d'hypoxémie (odds ratio ajusté [ORa]=2,4 ; IC à 95% : 1,0-5,8 et ORa=2,5 ; IC à 95% : 1,1-5,3, respectivement). La détection de S. pneumoniae dans le sang (hazard ratio brut [HRb]=4,6 ; IC95% : 1,5-14,0), un dosage de procalcitonine ≥50 ng/ml (HRb=22,4 ; IC à 95% : 7,3-68,5) et l'hypoxémie à l'admission (HRb=4,8, IC à 95% : 1.6-14.4) étaient prédictifs de surmortalité hospitalière ; ces associations subsistaient après ajustement sur l'âge, la période, le centre, la séropositivité HIV ou le statut nutritionnel. La majorité des pneumonies chez les enfants de moins de 5 ans dans les pays en développement peut être attribuée à S. pneumoniae, RSV, rhinovirus et hMPV. Les pneumonies hypoxémiantes chez les enfants sont liées à hMPV et RSV alors que les pneumonies liées à S. pneumoniae sont associées à un risque accru de décès. Ces résultats permettent d'identifier des priorités de prévention vaccinales et non-vaccinales