Métagénomique fonctionnelle du microbiote du rumen bovin pour la découverte d’enzymes de dégradation de polymères naturels et synthétiques
Auteur / Autrice : | Lisa Ufarté |
Direction : | Gabrielle Potocki-Veronese |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Ingénierie Microbienne et Enzymatique |
Date : | Soutenance le 25/02/2016 |
Etablissement(s) : | Toulouse, INSA |
Ecole(s) doctorale(s) : | Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés - Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés / LISBP |
Jury : | Président / Présidente : Thierry Giardina |
Examinateurs / Examinatrices : Gabrielle Potocki-Veronese, Elisabeth Laville, Diego Morgavi, Daniel Zalko | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Thierry Giardina, Trevor Charles |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
Le microbiote du rumen bovin est un écosystème très diversifié et efficace pour la dégradation de substrats complexes, notamment issus de la biomasse végétale. Composé majoritairement de microorganismes non cultivés, il constitue un réservoir très riche de nouvelles enzymes d’intérêt potentiel pour les biotechnologies industrielles, en particulier les bioraffineries et la bioremédiation. Dans le cadre de cette thèse, nous avons mis en œuvre une approche de criblage fonctionnel du métagenome ruminal pour accélérer la découverte d’enzymes de dégradation des lignocelluloses, mais aussi de divers polluants synthétiques. En particulier, de nouvelles estérases capables de dégrader un insecticide de la famille des carbamates, le fenobucarb, ainsi qu’un polyuréthane commercial, l’Impranil DLN, ont pu être identifiées. De plus, le développement d’une nouvelle stratégie de criblage d’oxydoréductases nous a permis d’isoler trois enzymes bactériennes originales, très polyspécifiques, ne requérant ni cuivre ni manganèse pour dégrader différents substrats polycycliques tels que des polluants majeurs de l’industrie textile, mais aussi des dérivés de lignine. Enfin, le criblage de deux banques issues d’enrichissements in vivo et in vitro du microbiome du rumen sur paille de blé a permis d’isoler des cocktails d’enzymes lignocellulolytiques au profil fonctionnel et d’origine taxonomique différents, constitués de glycoside-hydrolases, estérases et oxydoréductases. Quinze nouveaux modules CAZy, correspondant à des familles enzymatiques jamais caractérisées, ont été identifiés. L’ensemble de ces résultats met en lumière l’immense potentiel d’innovation biotechnologique contenu dans les écosystèmes microbiens, en particulier dans le microbiote du rumen bovin