Réservoirs environnementaux des champignons pathogènes humains : effet de l'anthropisation sur les communautés fongiques chez Larus michahellis
Auteur / Autrice : | Mohammed Hashim Yasir Al-Yasiri |
Direction : | Stéphane Ranque, Jean-François Mauffrey |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Pathologie humaine. Maladies infectieuses |
Date : | Soutenance le 26/05/2016 |
Etablissement(s) : | Aix-Marseille |
Ecole(s) doctorale(s) : | Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Interactions Hôte-parasite/ Pharmacologie et Thérapeutique (Marseille) |
Jury : | Président / Présidente : Renaud Piarroux |
Examinateurs / Examinatrices : Renaud Piarroux, Jacques Guillot, Jean-François Guegan, Gauthier Dobigny | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Jacques Guillot, Jean-François Guegan |
Résumé
Le goéland leucophée endémique dans la région méditerranéenne française. Son mycobiote intestinal n'a jamais été étudié. Ce travail visait à décrire le rôle de ces oiseaux comme réservoir et disséminateur de champignons pathogènes pour l’homme. Nous avons collecté 177 guano de goélands dans cinq sites sur le littoral méditerranéen français; La Grande-Motte, Palavas-les-Flots, Pierre-Blanche, Frioul and Riou archipels. Nous avons identifié dix-sept espèces de levure; les plus fréquentes étant Candida krusei, Galactomyces geotrichum, C. glabrata et C. albicans. On notait d’une part une augmentation de la fréquence des espèces anthropiques de levures C. glabrata et C. albicans avec l’anthropisation des biotopes des colonies de goélands dont d’isolats résistants aux antifongiques. Nous avons analysé les communautés de champignons filamenteux aérocontaminants isolés à partir des mêmes échantillons. Nous avons identifié 16 genres de champignons filamenteux. la faible diversité et abondance de champignons filamenteux dans les zones urbaines par rapport aux suburbains ou à un environnement peu affecté par l'anthropisation et l’association claire entre certaines espèces fongiques et des environnements particuliers. nous avons analysé la génétique des populations de la levure C. glabrata. Nous avons typé par MLVA, 111 isolats de goélands et 79 isolats collectés chez des patients des hôpitaux de Nîmes, Montpellier et Marseille. Nous avons observé une diversité génétique similaire entre les populations de C. glabrata isolées chez le goéland ou chez l’homme. Les isolats de C. glabrata résistants au fluconazole se distribuaient uniformément dans les deux populations.