Détection moléculaire des eucaryotes dans les selles de primates : étude exploratoire

Molecular exploring of eukaryotes in human and non- human primate guts : exploratory study

• Auteur / Autrice : Ibrahim Hamad
• Direction : Didier Raoult, Fadi Bittar
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 30/10/2015
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Jean-Louis Mège
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Didier Raoult, Fadi Bittar, Jean-Louis Mège, Raymond Ruimy, Antoine Andremont, Marion Leclerc
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Raymond Ruimy, Antoine Andremont

Mots clés

Mots clés contrôlés

transmission

Maladies des grands singes

Primates

Cellules eucaryotes

Microbiote

Tube digestif

microbiologie

Fèces

pathogénicité

Eucaryotes

métabolisme

Marqueurs biologiques

Mots clés libres

Les parasites

Les champignons

Pcr

Singes

Métagénomique

Parasites

Fungi

Pcr

Apes

Metagenomic

Résumé

Chez les mammifères, les Eucaryotes représentent une composante importante des micro-organismes peuplant le tractus digestif. Au total, 16 champignons et 2 autres micro-eucaryotes ont été identifiés dans l’échantillon provenant de la personne saine. Par contre, peu d’espèces fongiques ont été identifiées via l’échantillon provenant du patient atteint de tuberculose.D'autre part, la diversité des eucaryotes qui peuplent les primates non humains tels que les grands singes demeure relativement inexploré .Pour ces raisons, nous avons entrepris une analyse moléculaire dans le but de détecter ces micro-organismes eucaryotes, dont certains demeurent pathogènes pour l’homme, en utilisant un seul échantillon fécal prélevé chez un gorille sauvage en provenance de l’ouest du Caméroun. Ces analyses ont été suivies d’une détection moléculaire spécifique du potentiel pathogène de ces eucaryotes du tractus gastro-intestinal des gorilles sauvages. En conséquence, ils ont permis d’identifier 87 espèces eucaryotes. Nous avons également signalé la présence de champignons pathogènes, et de parasites. Afin d’examiner d’une manière plus approfondie si ces gorilles abritaient d’autres parasites, nous avons analysé 91 échantillons fécaux à la recherche d’agents pathogènes comme la leishmaniose. Les résultats ont montré que 12 échantillons contenaient des parasites du genre Leishmania et 4 phlébotomes comme vecteurs. L’analyse moléculaire a été effectuée par enchaînement de 3 différentes réactions de polymérase en chaine (PCR) spécifiques aux agents de la leishmaniose.

Eukaryotes represent significant component of the mammalian intestinal tract. Their occurrence might have either beneficial or virulent parasitic effects on the host.A total of 16 fungal species and 2 other micro-eukaryotes were identified in healthy fecal sample. Contrary, a very few fungi were detected in the fecal sample from patient with resistant tuberculosis. On another hand , The diversity of eukaryotes inhabiting non-human primates such as great apes remains relatively unexplored .For these reasons we undertook an extensive molecular analysis for detecting eukaryotic microbiota including some human eukaryotic pathogens in a single fecal sample from a wild western lowland gorilla from Cameroon, and then followed by specific molecular detection of potential human eukaryotic pathogen in gastrointestinal tracts of wild population of gorillas. Our effort resulted in retrieving 87 eukaryotic species. We also reported the occurrence of pathogenic fungi, parasites. To further examine whether these gorillas harbor other sever parasites, we screened 91 of their fecal samples for the presence of blood borne pathogen such as Leishmania. The results showed that, 12 fecal samples contained Leishmania parasites, and 4 contained phlebotomine sand fly vectors. The molecular identity was determined by running 3 different polymerase chain reaction tests for detection of Leishmania major.