Évaluation de la qualité-fraîcheur du poisson par des approches biochimiques (SPME-GC/MS) et moléculaires (qPCR)

Evaluation of fish quality-freshness by biochemical (SPME-GC/MS) and molecular (qPCR) approaches

• Auteur / Autrice : Alexandre Dehaut
• Direction : Philippe Jacques, Guillaume Duflos
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Ingénierie des fonctions biologiques
• Date : Soutenance le 02/12/2014
• Etablissement(s) : Lille 1
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la matière, du rayonnement et de l'environnement (Villeneuve d'Ascq, Nord)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort et de Boulogne-sur-Mer

Mots clés

Mots clés contrôlés

Spectrométrie de masse

Chromatographie en phase gazeuse

Microextraction en phase solide

PCR (génétique)

Méthylamines

Aliments -- Altération

Qualité

Poisson

Mots clés libres

Poisson -- Fraîcheur

Flore d'altération

Gène torA

Résumé

La fraîcheur est un paramètre important pour l’évaluation de la qualité du poisson. Plusieurs méthodes ont été développées par le passé, mais elles possèdent des limites principalement en termes de subjectivité et de précision. Le but de ce travail a été de chercher des indicateurs de la qualité en se basant sur les causes et les conséquences de l’altération du poisson. En ce qui concerne les causes, la flore d’altération a été étudiée par des techniques de microbiologie et de biologie moléculaire. Un premier travail a permis de caractériser des souches de Shewanella baltica isolées de poisson ; une des souches possède la particularité d’être H2S négative laissant penser que les techniques microbiologiques traditionnelles pourraient être limitées. Une approche qPCR a ensuite sélectionné des amorces testées lors d’un suivi d’altération. Les résultats montrent une baisse linéaire du signal dès les premiers jours d’altération, attribuée à la présence de Photobacterium phosphoreum, avec de bonnes anticorrélations aux méthodes biochimiques de référence. Par la suite, les conséquences ont été évaluées en quantifiant des amines volatiles par une méthode de SPME-GC-MS en définissant le concept d’azote basique volatil partiel (ABVP) permettant de quantifier spécifiquement la triméthylamine (TMA) et la diméthylamine (DMA). Cette méthode a montré, pour la TMA, une excellente corrélation avec une technique de référence. Les mesures d’ABVP ont permis de créer un indicateur, le ratio DMA sur TMA, évoluant lors des premiers stades d’altération. Parallèlement, deux projets basés sur l’analyse du volatilome de poissons transformés ont permis de travailler sur la qualité au sens large.

Freshness is a key parameter for the fish quality assessment. By the past, several methods have been developed, but they displayed limits mainly in terms of subjectivity and precision. The aim of this work was to search indicators of quality based on causes and consequences of fish spoilage. Concerning causes, the spoilage flora was studied by microbiological and molecular techniques. A first work allowed characterizing Shewanella baltica strains isolated from fish; one of the strains has the particularity to be H2S negative suggesting that traditional microbiological techniques might be limited. Then, a qPCR approach has selected primers tested during a spoilage monitoring study. Results show a linear decrease of the signal for the early days of alteration, attributed to the presence of Photobacterium phosphoreum, with good anticorrelations with biochemical methods of reference. Subsequently, consequences have been studied quantifying volatile amines by a method of SPME-GC-MS by defining the concept of partial volatile basic nitrogen (PVB-N) specifically quantifying trimethylamine (TMA) and dimethylamine (DMA). This method showed for TMA an excellent correlation with a reference technique. PVB-N measurements allowed creating an indicator, DMA on TMA ratio, evolving in the early steps of spoilage. Meanwhile, two projects based of the analysis of processed fish volatilome allowed working on quality in a wider sense.