Outils moléculaires de détection des virus géants de la famille des Mimiviridae et des Marseilleviridae : application à des échantillons environnementaux et humains

Molecular tools for the detection of giant viruses of the Mimiviridae and Marseilleviridae families : application to environmental and human samples

• Auteur / Autrice : Tatsiana Olyane Ngounga
• Direction : Philippe Colson
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 16/12/2014
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Jean-Marc Rolain
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Philippe Colson, Jean-Marc Rolain, Patrice Morand, Bruno Pozzetto
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Patrice Morand, Bruno Pozzetto

Mots clés

Mots clés contrôlés

Maladies transmissibles émergentes

Pneumopathie infectieuse

physiologie

Virion

Virus satellites

isolement et purification

Virus à ADN

méthodes

Réaction de polymérisation en chaine en temps réel

Acanthamoeba

virologie

Amoeba

Mots clés libres

Virus géant

Mimivirus

Marseillevirus

Megavirales

Grand virus nucleocytoplasmiques à ADN

Amoeba

Acanthamoeba

Human

Serology

Pcr

Culture

Giant virus

Mimiviruses

Marseilleviruses

Megavirales

Nucleocytoplasmic large DNA virus

Amoeba

Acanthamoebae

Human

Serology

Pcr

Culture

Résumé

Les virus géants d'amibes( Acanthamoeba) sont des virus à ADN double brin . Ces virus géants ont été isolés depuis 2008 essentiellement à partir de prélèvements d'eaux et sols) collectés dans diverses régions géographiques à travers le monde, ou à partir de prélèvements humains (selle, liquide broncho-alvéolaire et sang). Ils sont repartis en 4 familles virales dont les plus représentées sont les familles Mimiviridae et Marseilleviridae avec pour membres fondateurs respectifs Mimivirus et Marseillevirus et comptent à ce jour respectivement 44 et 20 isolats. Les virus géants d'amibes sont ubiquitaires dans notre biosphère, et les êtres humains y sont potentiellement exposés. Au cours de cette Thèse, nous avons premièrement écrit une revue de la littérature décrivant les outils de mise en évidence des virus géants d'amibes chez l'homme incluant la sérologie, la culture, la PCR ou l'hybridation de sondes fluorescentes in situ. Deuxièmement, nous avons conçu et évalué 5 systèmes de PCR en temps réel détectant les membres des groupes de mimivirus d'amibes, leurs virophages et les marseillevirus. Nous avons participé à un 3ème travail décrivant les différentes procédures d'isolement sur amibes utilisées jusqu'à présent dans notre laboratoire . Enfin, dans un 4ème travail préliminaire, nous avons recherché par PCR la présence des mimivirus et marseillevirus dans 701 plasmas de patients infectés par HIV-1.Au total, nos travaux ont décrit les mises au point, performances et limites des tests de PCR pour l'étude des virus géants, et ont contribué aux outils et fourni des éléments pour l'étude de l'implication des virus géants d'amibes en pathologie humaine.

The giant viruses of amoebas( Acanthamoeba) are double stranded DNA viruses. These giant viruses have been isolated essentially from water and soil samples collected in various geographic regions around the world or from human samples (stool, blood and bronchoalveolar fluid). These giant viruses are divided into four viral families among which those comprising the largest number of representatives are the Mimiviridae and Marseilleviridae families, whose respective founders are Mimivirus and Marseillevirus and comprise 44 and 20 representative members, respectively. Giant viruses of amoeba are ubiquitous in our biosphere, which means that humans can be exposed to them. In this Thesis, we initially wrote a review of the literature describing the tools to detect the present of these giant viruses in humans, including serology, culture isolation, PCR and fluorescence in situ hybridization (FISH). Secondly, we designed and evaluated the performance of five real-time PCR systems targeting the members of the 3 groups of mimiviruses of amoeba, their virophages and the marseilleviruses. We were involved in a third work that described the different isolation procedures on amoebae used so far in our laboratory for giant viruses. Finally, in a fourth preliminary work, we looked by PCR for the presence of mimiviruses and marseilleviruses DNA in 701 plasma from patients infected with HIV-1. In summary, our work described the developed PCR assays for the study of giant viruses, and their performance and limitations, and it contributed to the tools and evidence for the study of the involvement of the giant amoeba virus in human pathology.