Saccharomycotina yeasts genome architecture and the role of hybrids in shaping its evolution

par Luisa Guadalupe Morales Reyes

Thèse de doctorat en Génomique

Sous la direction de Bernard Dujon.

Soutenue en 2013

à Paris 6 .

  • Titre traduit

    L'architecture du génome des levures Saccharomycotina et le rôle des hybrides dans l'élaboration de son évolution


  • Résumé

    Les comparaisons des séquences révèlent les forces et évènements évolutionnaires qui ont donné forme aux génomes des levures tel quel on les a aujourd'hui. Ce manuscrit de thèse contient les contributions de mon travail expérimental et in silico pour la compréhension de l'évolution des génomes des levures. Dans le cadre du projet collaborative Dikaryome, ce travail a exploré des nouvelles branches de la phylogénie des levures que aupraravant cette recherche doctorale n'avaient pas été explorées. Ce travail discute les résultats de l'analyse du génome de Kuraishia capsulata et les résultats préliminaires de six autres souches, étudiés dans le cadre de Dikaryome, en incluant un isolat hybride. Les analyses montrent que le génome K. Capsulata se localise dans une position phylogénétique précédemment inexploré et intermédiaire entre ceux de Komagataella pastoris et ceux des levures du groupe CTG. On a trouvé que entre autres caractéristiques spécifiques, ce génome a perdu la redondance dans les gênes de tRNA, contient un nombre élevé des introns spliceosomal et a acquit probablement par un introgression provenant d'un champignon filamenteux un cluster d'assimilation de nitrate.


  • Résumé

    The evolutionary events and forces shaping yeast genomes can be revealed by sequence comparisons. This thesis manuscript contains the contributions of my experimental and in-silico research work to the understanding of yeast genome evolution. Within the frame of the Dikaryome collaborative project, this work has explored new branches of the yeast phologeny that had never been investigated prior to this doctoral research. It discusses results concerning the complete genome analysis of Kuraishia capsulata, and preliminary results of six others strains studied under the Dikaryome's project frame, including a hybrid isolate. Analyses show the K. Capsulata genome is located in an intermediate position between Komagataella pastoris and the group of CTG yeasts, in a previously unexplored branch of the yeast phylogeny. It was found that among others specific traits, this genome reduced its tRNA redundancy, contains a high number if spliceosomal introns and has a nitrate assimilation cluster. This latter one probably derived from a filamentous fungus introgression. Moreover, this doctoral project implemented an experimental approach to explore the formation of laboratory-induced yeast hybrids coming from haploid parents of distinct evolutionnary.

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  • Détails : 1 vol. (334 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p 322-334.

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