Dynamique de la colonisation et émergence de microorganismes résistants au sein des flores commensales d'une population amérindienne vivant isolée en Guyane Française

Colonisation dynamics and emergence of resistant microorganisms in the commensal flora of an Amerindian population living isolated in French Guiana

• Auteur / Autrice : Cécile Angebault
• Direction : Antoine Andremont, François Rousset
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Infectiologie
• Date : Soutenance en 2012
• Etablissement(s) : Paris 7

Mots clés

Mots clés contrôlés

Indien Amérique Sud

Prévalence

épidémiologie

État de porteur sain

Résistance aux bêta-lactamines

Staphylococcus aureus

Infections à Enterobacteriaceae

Résumé

La thèse aborde le thème de la dynamique de colonisation par des microorganismes cibles et de l'émergence de résistances en s'appuyant sur un projet mené au sein d'une population Amérindienne entre 2006 et 2010. Une 1ère étude analyse la dynamique de la colonisation intestinale par les levures et trouve un profil de colonisation inattendu. La prévalence de portage était élevée et une majorité de porteurs étaient colonisés par des levures de l'environnement tandis que Candida albicans était rare. Ces résultats remettent en cause la place de C. Albicans comme commensal « normal » de l'être humain. Un 2nd travail étudie la colonisation intestinale par des entérobactéries porteuses de ß-lactamases à spectre étendu (E-BLSE). Le taux de portage était de 8% vs. 3% en 2000. Cette augmentation coïncidait avec la multiplication par 3 de la consommation de ß-lactamines, ce qui montre que l'association entre le portage d'E-BLSE communautaire et la consommation antibiotique. Un troisième travail étudie la dynamique de la colonisation nasale par Staphylococcus aureus. Une forte prévalence associée à un taux de portage persistant modéré a été observée. Aucun facteur épidémiologique n'était associé au portage, alors que 3 facteurs génétiques l'étaient. Ces résultats incitent à reconsidérer la place des déterminants génétiques dans la colonisation par S. Aureus. Le 4ème travail étudie le portage nasal de staphylocoques à coagulase négative résistants à la méticilline (SCN-MR). Le taux de portage était élevé et une grande diversité d'associations du complexe des gènes ccr et mec a été trouvée, ce qui met en évidence le rôle des SCN-MR nasaux dans l'évolution génétique des cassettes SCCmec.

The thesis focuses on the dynamics of colonization of specific microorganisms and the emergence of resistance using the data of a project conducted over 4 years in an Amerindian tribe of Guiana. First, we focused on the dynamics of intestinal yeast colonization. We observed an unexpected colonization pattern with a high carriage prevalence. Most carriers were colonized with environmental yeasts whereas Candida albicans was rare. Our results may question the position of C. Albicans as a "normal" human commensal. A 2nd work focused on the intestinal colonization with extended-spectrum p-lactamase - producing enterobacteria (ESBL-E). The study evidenced an 8% ESBL-E carriage rate vs. 3% in 2000. This increase was concomitant with a 3-fold increase in the p-lactam consumption and highlighted how the community ESBL-E carriage is associated with antibiotic consumption. Third, we studied thé dynamics of Staphylococcus aureus nasal colonization. Overall carriage prevalence was high while persistent carriage prevalence was moderate. No epidemiological factors were associated with carriage but 3 genetic traits were associated. This suggests that host genetic might be determinant for S. Aureus nasal persistent carriage status. Last, we investigated the dynamics of nasal colonization with methicillin- resistant coagulase-negative staphylococci (MR-CoNS). A high diversity of ccr and mec gene complex associations was observed. 25% of carriers were persistent carriers. No epidemiological factor was associated with persistent carriage. Our results might reflect the important role of the SCN-MR reservoir in the occurrence of SCCmec rearrangement.