Variants VIH-1 minoritaires résistant aux inhibiteurs de la transcriptase inverse et de l'intégrase et barrière génétique à la résistance aux inhibiteurs d'intégrase des sous-types B et CRFOI AE

HIV-1 minority variants associated with drug resistance to reverse transcriptase and integrase inhibitors and genetic barrier for the development of resistance to integrase inhibitors

• Auteur / Autrice : Hai Le Nguyen
• Direction : Constance Delaugerre, Kiat Ruxrungtham
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : cVirologie
• Date : Soutenance en 2012
• Etablissement(s) : Paris 7

Mots clés

Mots clés contrôlés

Thaïlande

Inhibiteurs de l'intégrase du VIH

Intégrase du VIH

Résistance virale aux médicaments

VIH-1 (Virus de l'Immunodéficience Humaine de type 1)

Résumé

Les variants minoritaires résistants (VMR) du VIH-1 aux antirétroviraux n'ont pas été étudiés en Thaïlande. Deux groupes de patients dont le génotypage conventionnel n'a pas montré de mutations associées à la résistance ont été inclus dans l'étude: 104 patients récemment infectés, naïfs de traitement antirétro viral et 22 patients en échec de traitement de première ligne par les inhibiteurs non-nucléosidiques de la transcriptase inverse. Les résultats de pyroséquençage ont montré que la prévalence des variants minoritaires Y181C et M184V dans les 2 groupes est faible en Thaïlande. Le rôle des VMR N155H dans la sélection des profils de résistance au raltégravir (RAL) ont été évalué chez des patients multitraités en échec au RAL. Une PCR allèle spécifique (AS-PCR) a été utilisée pour détecter les mutants N155H. La sélection précoce de cette mutation à des niveaux variés n'influence pas la maintenance de cette mutation pendant l'échec en comparaison avec le passage au double mutant Q148H+Q140S, suggérant que ce mutant N155H n'aurait pas de rôle dans la détermination de profils de résistance. La barrière génétique pour l'évolution de la résistance aux inhibiteurs d'intégrase (INIs) a été comparée entre le sous-type B et CRF01-AE du VIH-1 par l'analyse des 66 mutations associées à la résistance aux INIs dans 144 séquences d'intégrase (109 VIH-1 sous-type CRF01-AE et 35 VIH-1 sous-type B) chez des patients naïfs aux INIs. La plupart des positions d'acides aminés étudiées montrent un haut niveau de conservation, ce qui indique la même barrière génétique entre les sous-types CRF01-AE et B.

Minority HIV-1 drug resistance bas not been studied in Thailand. Two groups of patients, whose conventional genotyping results showed no drug resistance-associated mutations, were investigated: 104 homosexual men recently infected with HIV-1, naive to antiretroviral treatment and 22 first-line NNRTI-based failures. Pyrosequencing assay was developed to detect and quantify minority Y181C and M184V variants from the patients' plasma samples. 1/104 (0. 96%) and 3/101 (3%) samples were found harboring Y181C and M184V in the group of homosexual men. In patients with first-line treatment failure, one harbored minority Ml84V mutants (4. 5%). Thus, due to such a low prevalence, minority drug résistance test may not be cost-effective for implementing in Thailand. The mechanism of raltegravir (RAL)-resistant evolutions has not been completely elucidated. Because of the emergence of RAL résistance usually initiated with the N155H mutant, we assessed the role of minority N155H-mutated variants in circulating RNA and archived DNA in 5 heavily treated patients experiencing RAL failure and harboring 3 different résistance profiles. No minority N155H-mutated variant was found by allele specific PCR (AS-PCR) in both plasma and whole blood samples collected at baseline and after RAL withdrawal in ail 5 patients. During RAL failure, the mutation N155H was detected at different levels in 3 patients displaying the N155H pathway and gradually declined when the double mutant Q148H+G140S was selected in one patient. In two patients with the Q148H résistance pathway, no N155H variant was identified by AS-PCR in both viral RNA and DNA. The N155H mutants might not play a role in determining different résistance profiles. The genetic barrier, defined by the accumulative number of drug-associated mutations required for the virus to escape drug-selective pressure, is a crucial factor in the development of drug résistance. There are limited data on subtype CRJF01_AE, a predominant isolate in Southeast Asia. The genetic barrier for the evolution of integrase inhibitors (INIs) including RAL, elvitegravir (EVG), and dolutegravir (DTG) résistance was compared between HIV-1 subtypes B and CRF01_AE by analyzing of 66 substitutions associated with INI résistance at 41 amino acid positions in 144 nucleotide sequences (109 HIV-1 subtype CRF01_AE and 35 HIV-1 subtype B) of IN gene derived from INI-naïve patients. Most studied amino acid positions including ail corresponding to RAL and EVG primary mutations show a high degree of conservation, indicating the same genetic barrier between subtypes CRF01_AE and B. Nevertheless, different genetic barriers were observed in two mutations described to be associated with DTG résistance (L101I, A124T) and other five RAL and EVG secondary mutations (V72I, T125K, G140C/S, V201I), which could have an impact on the development of résistance to RAL, EVG, and DTG.