Étude des polymorphismes génétiques des patients porteurs de fentes labio-maxillo-palatines en lien avec le métabolisme des folates

Study of genetic polymorphisms of folates in patients with orofacial cleft

• Auteur / Autrice : Laetitia Goffinet
• Direction : Jean-Louis Guéant
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santé
• Date : Soutenance le 14/12/2012
• Etablissement(s) : Université de Lorraine
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale BioSE - Biologie, Santé, Environnement
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Nutrition - Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (Nancy)
• Jury : Président / Présidente : Dominique Goga
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-François Chassagne, Bruno Leheup, Miikka Vikkula
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Pierre Lascombes, Arnaud Picard

Mots clés

Mots clés contrôlés

Métabolisme des monocarbones

Acide folique

Polymorphisme génétique

Malformations

Bouche -- Maladies

Mots clés libres

Fentes labio-maxillo-palatines

Monocarbones

Étude de polymorphismes

Cysthiationine Betasynthase

Orofacial cleft

Monocarbones

SNPmultiplex

Cysthationine Betasynthase

Transfuration pathway

Résumé

Introduction : Les déterminants génétiques du statut en folate (MTHFR, MTR, NOS3, SHMT1 et 2, MTHFD1 et 2, MTHFS, SLC19A1, ABCB1, FOLR2 et FOLH1) sont variablement associés au risque primaire de fentes chez les sujets hispaniques, irlandais, norvégiens et polonais. Ce risque est associé aux déterminants génétiques de la vitamine B12 (TCN2) en Italie et au métabolisme de la choline (BHMT, BHMT2 et PCYT1A) en Pologne. Des polymorphismes génétiques du gène CBS, une enzyme majeure de la voie de la transulfuration, y sont associés en Italie. But de l'étude : Nous avons étudié les déterminants génétiques des fentes labio-maxillo-palatines en France en lien avec le métabolisme des monocarbones par SNP Array. Méthodes : Notre étude cas-témoins porte sur 250 enfants, leurs mères (200), et 521 contrôles appareillés. Une analyse multiplex de 384 SNPs (77 gènes sélectionnés dans la base NCBI et à partir d'études in silico), a été réalisée par technologie Golden Gate Illumina (BeadExpress Reader, San Diego, California). Toutes les analyses ont été réalisées en modèles additifs, dominants et récessifs. Résultats : En analyse univariée chez les mères en modèle additif, rs2124459 CBS, rs35789560 FPGS, rs234709 CBS, rs4816 PCMT1, rs737865 COMT, rs4820889 TCN2, rs13043752 AHCY, rs2168781 SHMT1 et rs1801229 CUBN sont associés au risque primaire de fentes. Après correction de Bonferroni, seul CBS rs2124459 1552+1199A-->G atteint la significativité dans le modèle additif avec P= 0,009 (OR (Dd) versus (dd) = 0,46 (0,26 to 0,81) et (DD) versus (Dd) = 0,51 (0,26 to 0,97)). En modèle dominant le P= 0,09 (OR (DD, Dd) versus (dd) = 0,40 (0,23 to 0,69). Chez les enfants, CBS rs2124459 est associé au risque de fentes dans les modèles additif et dominant, avec des P=0.026 et P=0.011respectivement. Discussion et conclusion: CBS est très fortement associée au risque primaire de fentes chez les mères et les enfants. Ces résultats montrent une mise en jeu prépondérante de la voie de la transulfuration dans l'étiologie des fentes en France

Background : Monocarbons determinants are involved in the etiology of cleft lip with or without cleft palate, based on ethnical background and periconceptional mother's diet. Genetic polymorphisms of actors of folate and monocarbon availability (MTHFR, MTR, NOS3, SHMT1 and 2, MTHFD1 and 2, MTHFS, SLC19A1, ABCB1, FOLR2 and FOLH1) are in association with the primary risk of oro-facial cleft in contrasting ways in Hispanic, non-Hispanic-white, Irish, Norwegian or Polish subjects. The actors of B12 availability like TCN2 are only involved in Italian subjects. Cholin metabolism (BHMT, BHMT2 and PCYT1A) is reported in Polan. CBS, actor of transulfuration pathway?s, is in association with cleft risk in Italian studies. Aim : This study is built to determine the primary risk of cleft (OCF) in association with single nucleotid polymorphisms of the actors of folate, B12 and choline availability, monocarbons metabolism and transulfuration pathway?s in France. Methods : We performed a case-control study of 250 children and their mothers (200), and 521 matches controls. A multiplex analysis of 384 SNPs (77 genes), selected by NCBI databases research's and in silico studies was performed, using GoldenGate Illumina technology (BeadExpress Reader, San Diego, California) with appropriate genotyping controls. Genotypes with call rate under 0.95 and SNPs with Hardy-Weinberg disequilibrium linkage were excluded. SNP association analyses were performed applying additive, dominant and recessive models to the data. Results :In univariate analysis of mothers versus controls for additive model 9 SNPs were found in association with primary risk of cleft, concerning rs2124459 CBS ; rs35789560 FPGS ; rs234709 CBS ; rs4816 PCMT1 ; rs737865 COMT ; rs4820889 TCN2 ;rs13043752 AHCY ; rs2168781 SHMT1 ; rs1801229 CUBN. After multiple testing correction, only CBS rs2124459 1552+1199A-->G reached statistical significance in additive models, with P= 0.009 in the additive model (OR (Dd) versus (dd) = 0.46 (0.26 to 0.81) and (DD) versus (Dd) = 0.51(0.26 to 0.97)). P= 0.09 in the dominant model (OR (DD, Dd) versus (dd) = 0.40 (0.23 to 0.69), respectively. In patients, CBS rs2124459 was significantly associated with a reduced risk of OFC in both additive and dominant models, with respectively P=0.026 and P=0.011. Discussion and conclusion : This study reported an intronic SNP from CBS not previously described, with a strong association with primary risk of cleft in mothers and child. These results argues to the predominant way of transulfuration in etiology of oro-facial cleft in France