Phylogéographie au pléistocène et à l'holocène et domestication des équidés

par Sophie Champlot

Thèse de doctorat en Sciences biologiques

Sous la direction de Eva-Maria Geigl.

Soutenue en 2010

à Paris 11 , en partenariat avec Université de Paris-Sud. Faculté des sciences d'Orsay (Essonne) (autre partenaire) .

mots clés

• Équidés
• ADN fossile
• Hémione

Résumé

Certains aspects de la phylogéographie des Equidés au Pléistocène et à l'Holocène présentent des zones d'ombres malgré de nombreuses études archéozoologiques et des analyses génétiques sur les populations modernes. L'analyse génétique de fossiles provenant d'Asie du sud-ouest et d'Europe nous a permis d'aborder cette question sous un angle différent. Afin de repousser les limites des analyses paléogénétiques, des méthodes de traitement de fossiles post-fouille, d'extraction et d'amplification de l'AD ont d'abord été optimisées, permettant d'améliorer le rendement et la qualité des résultats paléogénétiques. En utilisant ces méthodes, nous avons ainsi mis en évidence une structure phylogéographique marquée des hémiones en Asie du sud-ouest à l'Holocène. La caractérisation de ces dernières peut avoir une influence sur les plans de sauvegarde de cette espèce en voie de disparition. Nous avons également remis en question le statut d'espèce de l'hydrontin basé sur critères morphologiques, l'ADN mitochondrial des os de cette espèce paléontologique correspondant soit à l'hémione, soit au cheval selon l'origine géographique et la période des os analysés. Ces données suggèrent une forte plasticité morphologique des Équidés, leur permettant des adaptations à des conditions environnementales diverses en créant des écomorphotypes sans événement de spéciation. Finalement, nous avons pour la première fois mis en évidence la présence d'hybrides hémione x âne dans un contexte archéologique.

Titre traduit

Pleistocene and holocene phylogeography and domestication of equids

Résumé

Parts of the phylogeography of Equids during the Pleistocene and the Holocene are still unresolved despite a great number of archeozoological studies and genetic analyses of modern populations. We performed a genetic analysis of Equid archaeological bones from South-west Asia and Europe. To push back the limits of ancient DNA analyses and increase the reliability of paleogenetic studies, we optimized post-excavation treatments of fossil bones, and DNA extraction and amplification methods. Our data reveals a strong phylogeographic structure of the past Asiatic wild ass populations in South-west Asia. This result should be taken into consideration in the design of conservation projects for this endangered species. Our data also question the species status of the hydruntine, a palaeontological species, since on mitochondrial level the bones appear to correspond to either hemiones or horses depending on their geographic origin and the time period they lived in. These results suggest that the Equus species have a significant morphological plasticity allowing morphological adaptations to various environmental conditions and forming ecomorphotypes without speciation events. Finally, we show for the first time in an archaeological context the presence of hemione x donkey hybrids.