Génération de la diversité génétique au sein de l'espèce Escherichia coli et relation avec la phylogénie et la virulence

Generation of genetic diversity in Escherichia coli species, link with phylogeny and virulence

• Auteur / Autrice : Jérôme Tourret
• Direction : Erick Denamur
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie
• Date : Soutenance en 2009
• Etablissement(s) : Paris 5

Mots clés

Mots clés contrôlés

pathogénicité

Phylogenèse

Escherichia coli

Pathogénicité

Escherichia coli

Phylogénie

Résumé

Les liens entre diversité génétique, phylogénie et virulence au sein de l’espèce E. Coli ont été étudiés par quatre travaux : Les génomes de 20 souches ont été comparés, permettant de préciser le core et le pangénome, de confirmer la structure clonale de l’espèce et de montrer que la recombinaison n’est pas répartie uniformément le long du chromosome. La fréquence de recombinaison chromosomique a été mesurée dans quatorze souches d’E. Coli. Elle est polymorphe et inductible. Des mutants de la souche 536 comportant des délétions simples ou multiples des îlots de pathogénicité ont été testés sur un modèle de septicémie de la souris. Ceci a montré qu’ils n’ont pas la même importance dans la virulence extra-intestinale et qu’ils ont un effet additifs. Le quatrième travail a montré une synergie de virulence extra-intestinale entre une souche non pathogène et une souche virulente d’E. Coli. L’ensemble des résultats montre que la virulence est un caractère complexe et polygénique.

The links between genetic diversity, phylogeny and extra-intestinal virulence in E. Coli have been explored through four works: The genomes of 20 strains have been compared, allowing to precisely define the core and pangenomes, to confirm the clonal structure of the species and to show that recombination events are not homogeneously scattered throughout the chromosome. Chromosomic recombination frequency have been measured in fourteen strains and shown to be polymorphic and inducible. Pathogenicity island single or multiple deletion mutants of strain 536 have been assessed on a mouse septicemia model. They do not participate equally to virulence and have an additive virulent effect. An extra-intestinal virulence synergy has been evidenced between a pathogenic and a non virulent strain of E. Coli. These results show that virulence is a complex and polygenic phenomenon.