Estudos taxonômicos de ácaros Tetranychidae no Brasil e filogenia e estrutura genética do ácaro rajado, Tetranychus urticae Koch, inferidas a partir de sequências do DNA ribossômico e mitocondrial

par Renata Santos de Mendonça

Thèse de doctorat en Biologie des populations et écologie

Sous la direction de Maria José Navajas y Navarro et de Ivone Rezende Diniz.

Soutenue le 23-11-2010

à Montpellier 2 en cotutelle avec l'Universidade de Brasília. Instituto de Ciências biológicas , dans le cadre de Systèmes Intégrés en Biologie, Agronomie, Géosciences, Hydrosciences, Environnement (Montpellier ; École Doctorale ; 2009-2015) , en partenariat avec Centre de Biologie et de Gestion des Populations (Montpellier) (laboratoire) .

Le président du jury était Francisco José Ferragut Pérez.

Le jury était composé de Maria José Navajas y Navarro, Ivone Rezende Diniz, Marie-Stéphane Tixier, Denise Navia.

Les rapporteurs étaient Gilberto José de Moraes.

mots clés

• Acari
• Bryobiinae
• Tetranychinae
• Erreurs d´identification
• Marqueurs moléculaires
• Variabilité génétique
• Tétranychidés -- Acariens -- Variabilité
• Sondes moléculaires
• Animaux -- Classification

Titre traduit

Études taxonomiques des acariens Tetranychidae au Brésil, en particulier sur la phylogènie et la structure genetique des populations de l´acarien jaune, Tetranychus urticae Koch, inferées à partir des sequences d´adn ribosomique et mitochondrial

Résumé

Un inventaire des Tetrany chidae du Brésil a été réalisé dans 15 États ainsi que dans le District Fédéral, avec 550 échantillons de 120 espèces végétales collectés. Des infestations par des acariens tétranychidés ont été confirmées dans 207 de ces échantillons. Vingt-deux espèces appartenant à sept genres de la sous-familles des Bryobiinae et Tetranychinae ont été identifiées chez 58 hôtes différents. Trente-six nouvelles plantes hôtes pour 11 espèces ont été répertoriées au Brésil, en Amérique du sud ou dans le monde. De nouvelles localités ont été enregistrées au Brésil pour quatre tétranychides et une espèce a également été signalée pour la première fois en Amérique du sud. Quatre nouvelles espèces ont été découverte: deux appartenant au genre Oligonychus Berlese et deux appartenant aux genres Monoceronychus McGregor et Schizotetranychus Tragardh. La contribution à la systématique du genre Tetranychus a consisté à analyser conjointement des substuences d´ADN ribosomique (ITS) et mitochondrial (COI) de femelles de T.urticae, T. cinnabarinus (synonyme potentiel de T. urticae) et d'espèces très proches appartenant également au groupe Tetranychus sensu stricto. Cette étude a mis en évidence des incohérences ce qui nous a amené à remettre en question la fiabilité des données moléculaires concernant le groupe Tetranychus s. str. disponibles dans Genbank. Des données sur la variabilité génétique, la phylogénie et la structure de populations de T. urticae au Brésil et dans le monde sont ensuite présentées. Les résultats indiquent la présence significative d'une structuration génétique des populations de T. urticae par rapport à la localisation géographique. L´effet de la plante hôte n´est pas observé. La diversité haplotypique, inférée à partir des ces deux régions du génome (ITS et COI) est plus élevée dans les pays du pourtour méditerranéen. On a constaté la présence de deux haplotypes mitochondriaux (COI) au Brésil, l´un partagé avec la France, l´Espagne et les îles Canaries, et l´autre avec le Japon.

mots clés

• Acari
• Bryobiinae
• Tetranychinae
• Misidentification
• Molecular markers
• Genetic variability

Titre traduit

Taxonomic studies of Tetranychidae mites in Brazil with enphasis in the phylogeny and population genetic structure of the two-spotted spider mite, Tetranychus uticae Koch, inferred from ribosomal and mitochondrial DNA sequences

Résumé

In this study we performed a survey of Tetranychidae mites from Brazil, including 15 States and the Federal District. A total of 550 samples of 120 different plant species were collected. Tetranychid mite infestations were confirmed in 207 samples, and 22 species belonging to seven genera of the Bryobiinae and Tetranychinae subfamilies were identified on 58 different host plants. Thirty-six new hosts were recorded in Brazil, South America and worldwide for eleven species. New localities were registered for four tetranychid genera and a new record to South America was confirmed. Four species were identified as new for science: two belonging to the Oligonychus Berlese genus and two belonging to the Monoceronychus McGregor and Schizotetranychus Tragardh genera. We analyzed and evaluated the identity of 105 Genbank accessions of ITS2 rDNA and 138 COI mtDNA sequences which were deposited as T. urticae and as fourteen other taxa morphologically close ly related to Tetranychus sensu stricto. Among the deposited sequences in the Genbank, numerous cases of apparently mistaken identities were identified in the group Tetranychus s. str., especially between T. urticae, T. cinnabarinus, T. kanzawai and T. truncatus. New sequences of ITS and COI were obtained from individuals collected in Brazil and some localities of the Palearctic Region (France, continental Spain, Canary Islands, Greece, Syria, Tunisia, Poland and Norway plus one from Canada). While significant differences were detected on population genetic structure of the analyzed samples according to the geographic region, any effect of the host plant was observed. Haplotype diversity inferred from both ITS and COI sequences was higher in samples from the Mediterranean basin. ITS sequences obtained from Brazil samples were homogenous, and two COI haplotypes were found, one of them also present in France, Spain and the Canary Islands and the other in Japan.