Diversité et fonctions écologiques des champignons en écosystèmes hydrothermal marin profond

Fungal diversity and ecological functions in deep-sea hydrothermal ecosystems

• Auteur / Autrice : Thomas Le Calvez
• Direction : Philippe Vandenkoornhuyse
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie. Écologie
• Date : Soutenance en 2009
• Etablissement(s) : Rennes 1
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Vie-Agro-Santé (Rennes)
• Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université européenne de Bretagne (2007-2016)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Phylogénie

Champignons

Champignons marins

Résumé

A partir d’analyses d’horloges moléculaires, nous avons émis l’hypothèse d’une diversification des champignons dans les océans. Par ailleurs, les écosystèmes hydrothermaux marins profonds partagent des caractéristiques avec l’Océan primitif : nous avons donc choisi d’étudier ces milieux, afin de retrouver des champignons partageant des caractères ancestraux de ce Règne. Des analyses de diversité ont révélé des organismes se branchant à la base de la phylogénie des champignons, en accord avec notre hypothèse de travail, couplée à une forte diversité fongique. Pour connaître les rôles de ces organismes dans ces écosystèmes, nous avons choisi une approche métagénomique. L’ADN extrait a été pyroséquencé en 3 runs indépendants. Les contigs générés, ont permis d’extraire les fragments de gènes fongiques et de reconstruire leur métabolisme hypothétique, par recherche d’homologies dans les bases de données. L’étude des séquences non assemblées, a permis de reconstruire les voies métaboliques du métagénome, et reconstituer la composition taxonomique de notre échantillon.

From molecular clock estimates we hypothesized their diversification in oceans. The marine hydrothermal ecosystems share characteristics with the primitive ocean. Thus, we have tested and analyzed the diversity of fungi in this particular ecosystem, in the aim to detect fungi displaying ancestral traits within the fungal Kingdom. Diversity analyses were performed from ciPCR, allowed to highlight the presence of a new branch forming one of the most ancient evolutionary lineage of fungi, in agreement with our working hypothesis, along with a large fungal diversity To understand the ecological functions of these fungi in these ecosystems, we chose an original metagenomic approach: DNA were pyrosequenced in 3 independent runs. Contigs had been used in order to extract and annotate fungal genes in the aim to reconstruct the hypothetical fungal metabolism, by homologies searches in public database. Unassembled reads were used to reconstruct the different metabolisms of the metagenome, and to better understand the taxonomic composition of our sample.