Thèse soutenue

Etude de modifications transcriptionnelles dans les carcinomes des voies aéro-digestives supérieures
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Auteur / Autrice : Benjamin Lallemant
Direction : Jean-Paul Brouillet
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie - Santé. Sciences biologiques
Date : Soutenance en 2009
Etablissement(s) : Montpellier 1
Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université de Montpellier I. Faculté de médecine (1896-2014)

Résumé

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Le pronostic des carcinomes épidermoïdes des VADS reste sombre. Le décryptage des mécanismes moléculaires impliqués dans la genèse et la prolifération de ses tumeurs ouvre des voies vers la découverte de marqueurs tumoraux pour le dépistage, le diagnostic, la classification ou la prédiction de la réponse aux traitements de cette maladie. L'analyse du transcriptome est une technique prometteuse dont le développement est considérable depuis l'apparition des micro-puces à ADN et de la RT-qPCR. Ce travail illustre les applications possibles de l'analyse du transcriptome pour la recherche de marqueurs tumoraux des carcinomes épidermoïdes des VADS. Nous présentons les différents projets de recherche : I- Validation de 9 marqueurs diagnostiques des carcinomes épidermoïdes des VADS issus des analyses transcriptionelles par micro-puce. Nous montrons que les niveaux d'expression des gènes FN1, MMP1, PLAU et SPARC sont supérieurs dans le tissu tumoral par rapport au tissu sain. Au contraire, ces niveaux sont plus faibles pour les gènes KRT4, KRT13, ILNR1, MAL et TGM3. L'analyse du niveau d'expression en RT-qPCR de l'un des 3 gènes ILNR1, MAL ou MMP1 permet de déterminer correctement la nature saine ou carcinomateuse de 87 des 92 échantillons. II- Etude de l'intérêt de la détection de l'ARNm salivaire de MMP1 comme teste diagnostic des carcinomes épidermoïdes des VADS. La détection de l'ARNm salivaire de MMP1a permit le diagnostique d'un carcinomes des VADS avec une sensibilité de 20% et une spécificité de 100%. III- Etude de l'intérêt de 12 gènes de ménage pour la normalisation des données de RT-qPCR en temps réel dans les carcinomes épidermoïdes des VADS. Parmi les 12 gènes testés (ACT, ALAS, B2M, GAPGH, HMBS, HPRT, KALPHA, RPS18, RPL27, RPS29, SHAD, TBP) tous présentent des stabilités suffisantes pour être utilisé comme gène de normalisation dans les études transcriptionnelles des carcinomes des VADS. Parmi ceux-ci, GAPDH et SADH semblent cependant les plus adapté