L'évolution moléculaire : de la comparaison vers la reconstruction

Molecular evolution : from genoms comparison to genomes reconstruction

• Auteur / Autrice : Virginie Lopez Rascol
• Direction : Lucio Vinicius
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santé. Bioinformatique
• Date : Soutenance en 2008
• Etablissement(s) : Aix-Marseille 1
• Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université de Provence. Section sciences

Mots clés

Mots clés contrôlés

Recombinaison génétique

Génome

Évolution moléculaire

Résumé

Je me suis intéressée à l’histoire évolutive des génomes (en particulier ceux des vertébrés) afin de mettre en évidence les évènements chromosomiques (la duplication, la polyploïdisation, la translocation, l’inversion. . . ) dans le but de reconstruire le génome ancestral des vertébrés. Avant de pouvoir reconstruire un génome ancestral, il faut tout d’abord pouvoir comparer les génomes actuels pour définir les régions conservées. Pour trouver ces régions conservées quatre points nous ont semblé essentiels : l’utilisation de la phylogénie afin de définir les relations d'orthologie entre les gènes de différentes espèces (concepts de l'évolution) ; un test statistique afin d’établir la significativité de la conservation (mathématiques dédiées) ; la possibilité de choisir sa propre région de départ (flexibilité de l’outil) ; la mise à jour fréquente du panel des génomes comparés (expansion de la recherche). Aucun outil alliant ces quatre points n’était disponible. Nous avons donc développé un système multi-agents appelé C. A. S. S. I. O. P. E. Permettant d’identifier automatiquement les régions conservées significativement entre plusieurs génomes, en utilisant la phylogénie ainsi qu’un test statistique dédié. Nous avons par la suite testé sa fiabilité sur les régions de paralogie du CMH à partir du génome humain.